選擇性教師證書項目一直存在的爭議，包括以下幾個方麵。
1.對教學的認識
教學是一種工藝（craft）還是一種專業（profession）?學者哈裏（Hawley，W.D.） 指出，選擇性教師證書項目的倡導者把教學視為一種直觀性的工藝，認為新手應該在工作中向有經驗的教師學習，因此，師徒製更適合用於教師培養。相應的，他們把學科專業知識和工作投入視為有效教學的條件。這種觀點被教師教育者戲稱為“火箭科學家的邏輯”（Rocket Scientist' rationale）。[1]哈利特（Hazlett，J.S.）也指出，如果一個智力正常的學習者能很快掌握某種工作的“訣竅”的話，那麽這種工作充其量隻是一種工藝而不是專業。他認為，教學是一種複雜的心理和社會性事業，充滿了各種困難和偶然性。從事教學意味著要應用係統的知識進行判斷，也意味著對新的知識進行探究和發現，這就叫專業。[2]
2.由誰來培養教師以及在哪兒培養教師
在工藝性教學觀的引導下，支持者認為，學習教學最好的方法是在有經驗教師的指導下進行真正的教學，[3]師徒製是培養教師的理想模式，中小學課堂自然成為培養教師的場所，不再需要大學教育學院來培養教師。支持者認為，選擇性教師證書項目打破了大學對教師培養的壟斷，這種壟斷培養幾乎沒有為教師提供實用性的內容。[4]教師教育者極力反對這種弱化教育學院的觀點，提出教師培養過程是極為嚴謹的，它包括三個關鍵的因素：①課程之間的連續性與整合性，課程學習與臨床學習的聯係；②深入的、有指導的實習，在實習中把教育學的理論和實踐聯係起來；③與中小學校建立夥伴關係。[5]有學者指出，要養成教學所必需的資格能力，需要經曆必要的學習過程，包括完成本科層次的文理教育，具有任教學科的專業知識，修讀8～10門課程並進行與課程相關的實踐，為期一年的實習，1～2年的入職指導以及持續的專業發展。[6]