盡管行政管理的基礎是“理性行為”，但是，人的理性是有限的。如果校長一味套用行政管理思想來管理中小學校的各方麵工作，必將麵臨諸多矛盾和衝突。這既是由行政管理理論的內在局限性導致的，也是由學校組織的特殊性造成的。
首先，行政管理理論的局限性表現為：第一，勞動的高度分工會降低許多工作的挑戰性和新鮮感，最終導致員工表現下降，降低工作效率。第二，對組織規則的過分依賴會引起低效率和惰性，甚至導致過度的繁文縟節和刻板性。第三，組織中應有下行和上行兩條溝通渠道，但行政管理隻有下行一個方向。造成組織成員由於信息不對稱而無法參與決策。第四，由於專業性工作的表現難以計量，所以，組織的行政管理更注重通過“資格”和“忠誠度”而不是以競爭和優點作為晉升的決定性因素。
其次，行政管理強調對結構的控製超過對人的認識，但中小學是學習型組織，教師基於專業而具有專業權利，學生則具有受到法律保護的“權利”。盡管校長處於組織層級結構的頂端，具有最終的發言權，但如果他隻采取行政命令和規章製度來管理學校，而作為組織重要主體的教師和學生隻能被動接受指令，就忽視了教師的權利和學生的權利，造成這兩個主體的自主性缺乏，進而難以充分調動他們的積極性和發揮他們的主動性。因此，校長的職責由單純地監督他人的工作已經轉向為重新構建組織結構以及分配各類資源的方式。
案例分享
學校該不該給成績差的學生戴“綠令巾”
10月17日，中午放學後，西安未央區第一實驗小學門外，一些孩子胸前的綠領巾在人群中顯得格外紮眼。中午時分隨著下課鈴響起，小學生們在老師引領下排隊回家。最先走出校門的是一年級學生，隊伍自然地被他們佩戴的領巾顏色分成了兩類：一部分孩子戴著鮮豔的紅領巾，另一部分孩子則戴著綠領巾。