首先，依法治校不僅是校長依法對學校內部進行管理，也是依法對學校、教師和學生合法權益實施的保護。學校組織、師生員工和學校外部組織之間難免會因為種種原因產生各種利益糾紛，依法維護學校及師生員工的合法權益是學校依法治校的重要內容。學校不僅要維護學校及師生員工的合法權益，使之不受侵害。並且，一旦學校與師生員工的合法權益受到侵害，校長應保障他們能及時通過法定程序得以補救。法律不僅是校長管理學校的工具，也是校長保護學校及師生員工合法權益的有力武器。當然，隻有校長懂法、知法，他才能及時運用法律來保護學校及其師生員工的合法權益。
其次，學生是學校存在的理由，教師是學校教育教學質量的保證，學校應當依法維護學生的受教育權並尊重教師的合法權益。一方麵，學校要尊重學生人格以及其人身權利、財產權利，不得體罰或者變相體罰學生，不能侮辱、歧視學生。如學校不得亂收費，必須按照國家規定向學生收取費用並且要公示收費標準；學校應落實安全製度，建立學生安全和傷害事故的應急處理程序與報告製度，依法妥善處理學生傷害事故等。另一方麵，學校要依法聘任教師，依法為教師提供相應的工作條件，保障教師的教育教學權、科學研究和學術活動權、學生管理與學業評定權、參加進修和培訓權以及參與學校民主管理權的實現。
最後，健全教師和學生的申訴製度以保障他們的合法權益。學校在對師生做出與其重大權益相關的處分決定時，一是要保障做出決定的主體是合法的。也就是說，這些涉及重大權益的處分必須由校長以學校名義做出，其他任何人未經校長授權不能以學校名義對師生做出任何處理決定。二是要保障處分決定的內容是合法的。任何處分決定不僅要有事實根據，而且還要以法律法規和學校的規章製度為依據，做到合情合理。凡是沒有事實根據或國家法律法規和學校規章製度依據的處分決定都不能做出。三是要保障處分決定符合程序公正的原則，即學校做出任何處分師生員工的決定都要遵循先調查後做出決定的基本程序，學校在決定之前還應當實行校內聽證製度。在形式上，重大處理決定也要符合規定，即必須經校長辦公室以學校文件的形式做出並予以公示。並且，處理決定必須送達本人，不送達給本人則不發生效力。同時，還必須告知被處分的學生和教師，他們享有不服處分決定的申訴權利或者訴訟權利，並有相關製度保障能聽取教職員工和學生的申辯或幫助他們尋求司法救濟。