課程設置能力即校長領導學校教師合理設置學校各個年級課程的能力，它包括四個方麵的含義：一是要統籌考慮國家課程、地方課程與學校課程的關係；二是要統籌考慮各個年級課程開設的情況；三是要統籌考慮國家必修課程與國家選修課程、校本課程的關係；四是要統籌考慮國民素質教育課程與升學預備教育課程的關係。而對於校長來說，校本課程的設置能力是其最重要的課程設置能力所在。
自實行三級課程管理體製後，校本課程便成了體現學校特色與內涵發展的核心領域。校本課程是在我國課程改革中呈現出來的與國家課程、地方課程並存的一種新的課程形態。它的重要價值在於根據當地的曆史文化、風土人情來精心設計校本課程，目的是傳承當地的文化特色和促進學生的個性發展。校長的課程領導已成為校本課程發展的關鍵。無論從理論上，還是實踐上，校長對校本課程的領導都具有十分重要的意義。
目前，我國中小學校本課程的開發多是零散無序的，教師為課程而教，學生為課程而學。不少校長理解“教師是校本課程開發的主體”時，常常把開發任務分配給教師，便以為盡到了校長的職責，這是一種誤解。“教師是校本課程開發的主體”，但並不意味著校長可以置身於校本課程開發之外。相反，在校本課程開發中，校長沒有準確的角色定位，沒有履行相應的課程開發職責，校本課程開發就有可能成為“散沙式的開發”，成為“師本課程”。校本課程開發是體現學校教育哲學思想和辦學宗旨的重要活動，校長在其中的作用是不言而喻的。學校教育哲學思想和辦學宗旨的確立無不顯示出校長的教育思想和教育境界。雖然學校教育哲學思想和辦學宗旨可能是學校集體智慧的結晶，但是我們很難設想一個校長沒有教育思想和教育境界，學校卻能形成高明的教育哲學傳統和辦學宗旨。所以，校長在校本課程開發活動中的影響應該受到高度的重視。正是校長引導著學校整體精神的形成和發展方向，推動著學校課程的“校本化”進程。[9]