20世紀90年代以後，隨著辦學體製改革的逐步推進，教育事業的規模開始急劇擴大。如何有效增加教育經費的來源，處理好教育成本在國家、社會、集體和個人之間的合理分擔問題成為這一時期教育投資體製改革麵臨的主要任務。麵對教育經費緊缺，難以滿足教育事業發展需要的難題，1993年頒布的《中國教育改革和發展綱要》提出要改革和完善教育投資體製，增加教育經費；並指出，改革的主要思路是要“逐步建立以國家財政撥款為主，輔之以征收用於教育的稅費、收取非義務教育階段學生學雜費、校辦產業收入、社會捐資集資和設立教育基金等多種渠道籌措教育經費的體製”。籌措教育經費的主要措施包括：逐步提高國家財政性教育經費支出占國民生產總值的比例；貫徹“三個增長”原則，提高各級財政支出中教育經費所占的比例；征收城鄉教育附加費；提高非義務教育階段學生學費標準；鼓勵發展校辦產業；鼓勵捐資助學；等等。這些改革措施的推進，大大地拓寬了教育經費籌措渠道，使我國教育經費投入總量有了很大的增長。1995年《教育法》頒布實施以後，《中國教育改革和發展綱要》所提出的有關教育投資體製改革的方案通過法律的形式固定了下來。《教育法》明確規定，“國家建立以財政撥款為主、其他多種渠道籌措教育經費為輔的體製，逐步增加對教育的投入”。此後，各級政府和其他社會組織紛紛開始探索增加教育經費投入的有效途徑。
在基礎教育領域，根據1986年《義務教育法》第十二條和1992年《義務教育法實施細則》第十七條的規定，實施義務教育的學校可收取雜費，這使得雜費成為除政府財政投入之外，義務教育經費的一個重要來源。1999年以後，國家逐漸增加了對教育經費的投入並且提出要逐步實現國家財政性教育經費支出占國民生產總值4%的目標。政府在積極運用財政、金融、稅收政策，鼓勵社會、個人和企業投資捐助辦學，增加教育經費投入的同時，也開始有意識地加強對教育經費的管理，嚴格禁止亂收費。針對人民群眾反映強烈的學校亂收費問題，於2001年頒布實施的《國務院關於基礎教育改革與發展的決定》，更加明確地提出要“堅決刹住一些地方和學校的亂收費，控製學校收費標準，切實減輕學生家長特別是農村學生家長負擔”，並且要求在貧困地區實行“一費製”，在其他地區規範雜費和書本費收費標準和收費行為。2006年，修訂後的《義務教育法》對義務教育經費的保障機製做出了新的規定。其第二條第三款規定：“實施義務教育，不收學費、雜費。”第四十二條第一款規定：“國家將義務教育全麵納入財政保障範圍，義務教育經費由國務院和地方各級人民政府依照本法規定予以保障。”這標誌著政府開始全麵承擔起發展義務教育的職責，我國義務教育的經費籌措體製日益完善起來。