高等教育管理體製的改革，涉及高等學校與政府和社會之間複雜關係的處理，關涉整個教育體製改革的成敗，是20世紀90年代教育體製改革的核心問題。1993年頒布實施的《中國教育改革和發展綱要》明確提出了進行高等教育體製改革的目標和任務，認為“進行高等教育體製改革，主要是解決政府與高等學校、中央與地方、國家教委與中央各業務部門之間的關係，逐步建立政府宏觀管理、學校麵向社會自主辦學的體製”，並且提出了改革政府與高校的關係、加強高校與社會的聯係、改革高等學校的招生就業製度和內部管理體製等方麵的具體措施。
在政府與學校關係上，《中國教育改革和發展綱要》提出應當處理好政府與學校、中央與地方、國家教委與中央業務部門之間的關係，賦予高等學校在招生、專業調整、機構設置、幹部任免、經費使用、職稱評定、工資分配和國際合作交流等方麵充分的自主辦學權利，使得高等學校真正成為麵向社會自主辦學的法人實體。此後，國家教委在廣東和上海等地展開了以共建和合作為主要形式的改革試點工作。1997年，國務院總結改革試點工作的經驗和教訓，提出了“共建、調整、合作、合並”的八字方針，大大加快了高等學校管理體製改革的步伐，使得高等學校由條塊分割的管理體製逐漸轉變為條塊結合的管理體製。[4]1998年8月，第九屆全國人民代表大會常務委員會第四次會議通過了《高等教育法》。《高等教育法》以法律的形式對我國高等教育的管理體製、高等學校的獨立法人地位和辦學自主權利等內容做出了明確的規定，逐漸建立起了政府與高等學校關係的基本框架。此後，政府又陸續推行了一些新的改革舉措，對這一框架體係進行了進一步的改革和完善。1999年，國務院提出要加強省級政府的統籌權力，形成在國家宏觀政策指導下，以省級政府統籌為主的條塊有機結合的新體製。同年，中央進一步提出要加大省級人民政府發展和管理本地區教育的權力及統籌力度，要求進一步明確省級政府的教育管理職責和權限，形成中央和省級人民政府兩級管理、以省級人民政府管理為主的新體製，並且要求在落實和擴大高校辦學自主權的同時，加強對高等學校的監督和辦學質量檢查，逐步形成對學校辦學行為和教育質量的社會監督機製以及評價體係，完善高等學校自我約束、自我管理機製。此後，中央和省級人民政府兩級管理、以省級人民政府管理為主的高等教育管理體製開始確立並逐漸完善起來。