隨著“效率優先，兼顧公平”為導向的基礎教育改革的不斷深入，整個社會的教育不公平趨向越來越突出，主要體現在區域、城鄉教育發展的失衡，階層、校際教育差距的擴大等方麵。自我國進入全麵建設小康社會後，針對新情況、新任務，政府開始了“堅持教育優先發展，促進教育公平”的新一輪探索。21世紀初，效率第一的教育質量觀才有所緩解，開始在教育的各個層麵推動公平意義上的質量提升。隨著關於教育公平和教育均衡發展（尤其是義務教育均衡發展）問題討論的深入，以及國家相關政策、文件的相繼印發，教育公平取向由起點的機會均等延伸到過程、結果的教育質量均衡。
基礎教育充分吸取前段教育改革經驗教訓，從2003年開始走向以重建新體製、重建新教育係統的教育變革新階段。伴隨全麵建設小康社會目標的提出，政府加大對落後地區、薄弱學校和弱勢群體的扶持力度，縮小地方差距，積極促進基礎教育均衡優質發展。為縮小城鄉教育差距，推進教育公平，2003年《國務院關於進一步加強農村教育工作的決定》把農村教育作為教育工作的重中之重，與此同時，教育的區域差距也引起了國家的注意。對此，2004年3月國務院批轉的教育部《2003—2007年教育振興行動計劃》提出以製度創新為特色，旨在促進教育係統內部均衡發展；提出完善小學升初中就近免試入學製度，健全助學製度和科學規範的教育經費管理製度等；提出加大對西部地區、少數民族地區等的教育支持力度，促進東、中、西部地區教育的協調發展。2005年，鑒於義務教育的城鄉差距、地區差距、校際差距依然存在，並有進一步擴大的趨勢，義務教育均衡發展成為備受關注的問題。對此，教育部印發《關於進一步推進義務教育均衡發展的若幹意見》，全麵闡述義務教育均衡發展的政策。2005年年底，國務院決定將農村義務教育納入公共財政保障範圍，深化農村義務教育經費保障機製改革，從2006年春季學期起，對西部地區農村義務教育階段學生學雜費實行全免，對貧困家庭學生無償提供教科書，對貧困家庭寄宿生提供生活費補助。2007年春擴大到中東部農村地區。“兩免一補”政策確保不讓農村學生因家庭經濟困難而失學。2006年修訂的《義務教育法》是教育公平的重要轉折點，它以法律的形式規定了“以義務教育均衡發展為內容的教育公平”，使我國的教育公平從政策規章層麵進入法律層麵。其中第六條規定：“國務院和縣級以上地方人民政府應當合理配置教育資源，促進義務教育均衡發展……”2007年，黨的十七大報告將教育擺在民生問題的首位，明確提出“教育是民族振興的基石，教育公平是社會公平的重要基礎”；指出要實現“優先發展教育，建設人力資源強國”的目標，“就必須實現教育公平”，從而完全確立了教育公平的重中之重地位。2008年，國家規定免除城市義務教育階段學生學雜費，將進城務工人員隨遷子女接受義務教育納入公共教育體係，免費義務教育在全國範圍內推行。可見，國家通過教育法律與政策的製定和修改，充分關注和促進基礎教育階段教育公平。2009年，溫家寶同誌主持會議，研究部署《教育規劃綱要》的製定工作時強調，要“把促進教育公平，滿足人民群眾不斷增長的多層次、多樣化的教育需求作為規劃的重點，把促進人的全麵發展，辦人民滿意的教育作為規劃的落腳點”[12]。2010年頒布的《教育規劃綱要》明確指出：“教育公平是社會公平的重要基礎。教育公平的基本要求是保障公民依法享有受教育的權利，關鍵是機會公平，重點是促進義務教育均衡發展和扶持貧困群體，根本措施是合理配置教育資源，向農村地區、邊遠貧困地區和民族地區傾斜，加快縮小教育差距。教育公平的主要責任在政府，全社會要共同促進教育公平。”