計劃經濟下，我國自上而下實行高度集中統一管理。高校隸屬行政部門領導之下，沒有辦學自主權，政府集舉辦者、管理者、辦學者於一身。這種管理體製使得政府權力過大，行政化傾向明顯，削弱了高校主動麵向社會、麵向市場的積極性，不利於高校辦出特色，發揮優勢。改革開放以來，伴隨著社會主義市場經濟的發展，高等教育條塊分割的領導體製向中央和地方兩級領導體製轉變，改變了高校歸部門所有的體製。國務院1986年發布的《高等教育管理職責暫行規定》，專門就當時的國家教委、國務院相關部委及省、自治區、直轄市人民政府的管理職責分別做了規定，還就擴大高校管理權限、增強高校適應經濟和社會發展需要的能力做了規定。1990年，為了加強國家對普通高等教育的宏觀管理，國家教委發布《普通高等學校教育評估暫行規定》，指導普通高校的教育評估工作。
在20世紀80年代教育體製改革的基礎上，《中國教育改革和發展綱要》提出進一步深化改革的具體目標和任務，指出進行高等教育體製改革，主要是解決政府與高校、中央與地方、國家教委與中央各業務部門之間的關係，逐步建立政府宏觀管理、學校麵向社會自主辦學的體製；在高校的招生和畢業生就業製度方麵，要求改變全部按國家統一計劃招生的體製，實行國家任務計劃和調節性計劃相結合，同時改革學生上大學由國家包下來的做法，逐步實行收費製度，改革高校畢業生“統包統分”和“包當幹部”的就業製度，實行少數畢業生由國家安排就業，多數畢業生“自主擇業”的就業製度。《中國教育改革和發展綱要》還提出改革對高校的財政撥款機製，逐步建立起以財政撥款為主，其他多渠道籌措教育經費為輔的體製。