課程的體係結構是涉及課程領域各方麵的關鍵。改革開放40年以來，在廣大教育工作者的共同努力下，我國的義務教育課程結構在不斷變革中取得了不少成績，尤其在改革課程結構過分強調學科獨立、縱向持續、門類過多和缺乏整合等方麵，取得了一定成效。但是，其研究和實踐中也存在一些困惑與問題，阻礙了改革的進一步實施，需引起重視，主要表現在以下幾個方麵。
（一）選修課程
無論是學術性選修課、技術性選修課還是趣味性選修課的開設，都有利於促進學生富有個性的發展。另外，選修課的開設也為教師提供了一個拓寬專業知識、更新知識結構的發展平台。但是，我們也應保持足夠的理性，清醒地看到實施過程中存在的問題。
一是認識上的偏差。有個別教師對開設選修課存在認識偏差，認為選修課是“花架子”，與必修課爭時間，會影響必修課的教學效果。選修課與必修課在教學目標、教學方法和課堂結構上都有所不同，但有些選修課一節課內不是講習題，就是做實驗，變成了必修課的延伸和補充，說是選修課，實為輔導課。這種名不副實的選修課無疑違背了初衷。這就需要學校領導注重引導教師轉變思想觀念，認識到選修課在全麵貫徹教育方針、提高師生素質中的重要作用，將選修課放在應有的地位上。
二是教師素質和水平的局限。學校能不能開設選修課，能開設多少選修課以及如何開設好選修課等，都要依靠教師來落實。因此，學校開設選修課對教師的知識結構和能力水平是個很大的考驗。選修課涵蓋範圍較大，要求教師具備更廣闊的知識麵，對於現階段的一些教師來說具有一定難度。另外，相對於必修課，選修課工作量大，因成型的資料比較少，多靠大量閱讀課外讀物和有關資料來積累素材。編寫一個選修課教案往往要兩三天甚至更長時間，教師在準備時需付出更多的精力，這無形之中加重了教師的負擔。建議將選修課作為教師的工作量，納入學校常規管理中去，並建立合理、科學的激勵機製，選修課低效現象將會有所改觀。