在20世紀末我國基本完成了“兩基”目標，保障了適齡兒童和少年接受義務教育的基本權利。但由於我國仍處於社會主義初級階段，各地經濟社會發展不平衡，城鄉二元結構矛盾突出，城鄉之間、地區之間、學校之間的教育質量和水平差距依然存在，在一些地方和有些方麵還有擴大的趨勢，這成為義務教育發展中需要高度關注的問題。2005年教育部印發的《關於進一步推進義務教育均衡發展的若幹意見》指出，應該將義務教育均衡發展放在重要的位置，采取積極措施，逐步縮小學校辦學條件的差距；統籌教師資源，加強農村學校和城鎮薄弱學校師資隊伍建設；建立有效機製，努力提高每一所學校的教育教學質量；落實各項政策，切實保障弱勢群體學生接受義務教育；建立監測評估體係，切實推進義務教育均衡發展。根據義務教育均衡發展思想的指導，要在義務教育辦學結構方麵，加大對薄弱學校的支持，通過加大義務教育經費投入，對薄弱學校進行改建、擴建和新建；要調整教育經費支出結構，重點支持農村地區、貧困地區、少數民族地區的義務教育發展，加大對經濟困難地區的教育專項轉移支付，督促轄區內中小學生均公用經費基本標準和預算內生均公用經費撥款標準的落實。
2010年教育部發布的《關於貫徹落實科學發展觀進一步推進義務教育均衡發展的意見》指出，我國義務教育已經全麵普及，進入了鞏固普及成果、著力提高質量、促進內涵發展的新階段，要將推進均衡發展作為義務教育改革與發展的重要任務。實現均衡發展要求以提高教育質量、促進內涵發展為重點。這一政策再次確認了“均衡發展”在義務教育發展和改革中的方向性地位。在義務教育教師結構、教育資源配置結構、城鄉教育結構、義務教育學校管理結構等方麵的調整上，都應堅持以“均衡發展”為指導，以促進城鄉之間、區域之間、校際之間均衡發展為標準來進行結構上的調整與完善，盡早實現義務教育的均衡發展。