1998年8月，教育部印發了《關於認真做好“兩基”驗收後鞏固提高工作的若幹意見》，強調基本普及九年義務教育，基本掃除青壯年文盲（以下簡稱“兩基”）工作雖取得顯著成效，但仍然存在著標準低、基礎薄弱、指標波動等問題，地區之間發展也不平衡，一些地方出現輟學率有所回升、放鬆掃除剩餘文盲等現象，所以要堅持“兩基”為“重中之重”的方針，突出重點，抓好薄弱環節，要以普及程度、師資隊伍建設和進一步改善辦學條件為重點，紮紮實實鞏固提高“兩基”原有評估項目及指標要求；加強領導，優先保證“兩基”鞏固提高經費投入，要進一步發展和完善以財政撥款為主，其他多種渠道籌措教育經費為輔的教育投入體製。采取減免雜費、書本費，建立健全助學金製度等辦法，幫助貧困家庭兒童少年接受義務教育。有條件的地方，可逐步擴大義務教育階段殘疾學生的免費範圍。“兩基”與“兩全”是一個有機整體，推行素質教育最終要落實在全麵貫徹教育方針，全麵提高教育質量上。在鞏固提高階段，要以全麵提高國民素質為宗旨，使實施素質教育初見成效，把“普九”提高到一個新水平。
“兩基”目標的實現中，農村地區“兩基”工作是我國教育工作的重中之重。2004年發布的《國家西部地區“兩基”攻堅計劃（2004—2007年）》指出，到2002年年底，“兩基”人口覆蓋率達到91%。經過西部地區各級政府的不懈努力，西部教育發展迅速，成效顯著，但教育發展的總體水平仍然偏低，發展很不平衡。西部地區人均受教育年限僅有6.7年，比全國平均水平低1.3年；“兩基”人口覆蓋率僅77%，比全國低14%；15歲以上文盲、半文盲人口占總人口的比重為9.02%，比全國高2.3%。截至2002年，西部地區仍有372個縣（市、區）以及新疆生產建設兵團的38個團場，共410個縣級行政單位尚未實現“兩基”，涉及345萬平方千米國土和8300多萬人口。西部地區“兩基”攻堅已經成為提高整個中華民族素質的當務之急，是必須做好的一項重要工作。為此，2004年，教育部、財政部聯合下發《關於進一步加強農村地區“兩基”鞏固提高工作的意見》，指出今後5年加強農村“兩基”鞏固提高工作的目標：義務教育的普及程度進一步提高，小學適齡兒童都能按時入學，在校生年輟學率控製在1%以下；初中階段毛入學率達95%以上，在校生年輟學率控製在3%以下，按時畢業率明顯提高，17周歲人口初級中等教育完成率明顯提高；視力、聽力和智力殘疾兒童少年義務教育階段入學率分別達到85%；全麵掃除有學習能力的青少年文盲（15～24歲），青壯年文盲率下降到5%以下，複盲現象得到有效控製，脫盲人員鞏固率逐年提高。為切實實現農村“兩基”工作的完成，製定了相應的措施：以加強農村初中建設為重點，進一步改善農村中小學辦學條件，地方各級人民政府要加大校舍建設和危房改造力度，高度重視學生宿舍和學校公共衛生設施建設，進一步加強初中實驗室和圖書館建設；各地要遵循“小學就近入學，初中相對集中”的原則，穩步推進農村學校布局結構調整工作，提高辦學規模和效益；進一步鞏固完善農村義務教育管理體製，增加義務教育經費投入；加大控製初中輟學的力度，提高義務教育普及程度；加快推進課程改革，進一步提高中小學教育質量；切實加強師資隊伍建設；大力推進中小學信息技術教育；切實保障弱勢群體接受義務教育權利；進一步提高中小學管理水平，建立和完善中小學生學籍管理製度。