20世紀80年代，政府義務教育公共投資嚴重不足，導致了教育經費的嚴重緊缺。同時義務教育公共投資分擔主體的重心過低，農村義務教育財政管理體製運轉不靈，導致農村許多地區特別是國家級與省級貧困縣的義務教育舉步維艱，處於缺少政府足夠財力保障的境況之中。
財政性教育經費從20世紀90年代中期後逐步走出低穀，呈現逐年上升的良好態勢。國家對義務教育的投入大幅度增加，基本上形成了以財政撥款為主、多渠道籌措教育經費的投入體製。特別是從1998年開始，連續5年，中央財政支出中教育經費所占比例每年提高一個百分點，地方財政也相應地加大了教育投入力度。為落實“科教興國”戰略，幫助貧困地區加快普及義務教育，促進當地人民群眾脫貧致富，在黨中央、國務院的關懷下，1995年至2000年，教育部（原國家教委）、財政部聯合組織實施了第一期“國家貧困地區義務教育工程”。中央財政投入39億元，地方財政配套87億元，共計126億元。一期“工程”實施範圍集中在22個省、自治區、直轄市及新疆生產建設兵團的852個貧困縣，其中“八七”扶貧攻堅計劃確定的國家級貧困縣有568個。到2000年年底，一期“工程”圓滿結束，完成了各項任務，實現了規劃目標。但到2000年年底一期“工程”結束，全國尚未“普九”的縣（旗、團場）還有522個，其中，315個國家級貧困縣85%以上在西部地區。覆蓋大約1.24億人口，其中少數民族人口0.49億。為此，黨中央、國務院決定，“十五”期間繼續實施第二期“工程”，以幫助貧困地區實現普及義務教育的目標。中央專款的分配向西部地區傾斜，為西部地區安排的資金占中央專款的90%以上。二期“工程”把校舍改造和建設繼續作為重點的同時，加大了師資培訓的力度，新增了免費提供教科書、配置信息技術教育設備等項目。按照規劃，522個項目縣共新建、改擴建中小學9827所；培訓教師約46.7萬人次，其中學曆達標培訓8.3萬人；添置儀器設備3.76萬台套，購置課桌凳210萬套，新增圖書資料2400萬冊；為60000多所農村中小學配備遠程教育接收設備。二期“工程”的實施，使我國貧困地區基礎教育辦學條件得到較大改觀，師資水平和教學質量得到進一步提高。