在“以縣為主”的義務教育管理體製下，縣級政府承擔了統籌發放中小學教師工資的職責。到2001年10月為止，據20個省份上報給教育部的數據，全國已有1117個縣（市、區）將農村中小學師資管理上收到縣一級，占這些省份總縣（市、區）數的58%。從數據上看，各級政府是以積極態度推進“以縣為主”義務教育管理體製改革的。
為了了解各地實際情況，2001年9-12月，國家教育督導團組織國家督學，對8個省份落實“以縣為主”的農村義務教育管理體製進行檢查。檢查結果與各地政府自報材料有一定出入，許多地方對“以縣為主”教育管理體製的認識尚不統一。一些地方市、縣、鄉各級對實行這一體製各有各的想法，積極性不高。特別是一些欠發達地區的縣（市、區），過去由鄉一級發放工資有困難，現在以縣為主，拖欠教師工資問題依舊，隻是從鄉鎮挪移到縣，縣級政府無能為力。截至2001年11月，甘肅省由縣（市、區）統發教師工資的有28個，占縣總數的32.18%；而河南省由縣（市、區）統發教師工資的隻有14個，僅占縣總數的8.86%。[7]
針對這種情況，2002年4月，國務院下發了《國務院辦公廳關於完善農村義務教育管理體製的通知》，對《國務院關於基礎教育改革和發展的決定》的精神做了進一步闡釋，統一認識。要求：“縣級人民政府對農村義務教育負有主要責任，省、地（市）、鄉等地方各級政府承擔相應責任，中央政府給予必要的支持。”此後不久，國家教育督導團再次派人到各地巡查。繼上半年對新疆、黑龍江、山東和陝西4地的14個縣（市、區）調研之後，11月上旬，國家教育督導團派出調研組，對河南、河北、湖南等11個省份的22個縣（市、區）進行了督導調研。與2001年的調查結果相比，督導檢查和調研所到的15個省份的大部分縣（市、區）已經完成農村義務教育體製上收到縣的工作，完全實行“以縣為主”的縣（市、區）有30個；僅將教師工資上收到縣的有34個；僅將教師人事管理上收的有31個。貴州全省範圍內全部完成教育體製上收到縣工作。少數管理體製沒有上收的縣，主要集中在有些經濟發展好、教育投入力度大的地方。這些地方的鄉鎮財政體係足以支撐中小學教師工資的按時足額發放。例如，浙江省慈溪市掌起鎮2001年財政支出為3803萬元，其中教育投入為1625.35萬元，2002年教育投入超過2000萬元。吉林省通化縣各鄉鎮教育投入比例也較高。縣裏擔心義務教育體製改革會影響到鄉鎮投入的積極性。[8]