實行“以縣為主”的義務教育行政管理體製改革，不僅僅是農村義務教育責任的轉移，即“以鄉為主”轉向“以縣為主”，同時也是將教育投入從主要由農民負擔轉到由政府負擔上來。換句話說，“以縣為主”的義務教育管理體製改革，其核心問題是教育投入機製的轉變，要求縣政府通過調整本級財政支出結構，增加教育經費預算，對上級轉移支付的資金做出科學、合理的安排。
《國務院關於基礎教育改革與發展的決定》對教師工資支付作了明確規定：“確保農村中小學教師工資發放是地方各級人民政府的責任。省級人民政府要統籌製定農村義務教育發展和中小學布局調整的規劃，嚴格實行教師資格製度，逐縣核定教師編製和工資總額，對財力不足、發放教師工資確有困難的縣，要通過調整財政體製和增加轉移支付的辦法解決農村中小學教師工資發放問題。”“從2001年起，將農村中小學教師工資的管理上收到縣。為此，原鄉（鎮）財政收入中用於農村中小學教職工工資發放的部分要相應劃撥上交到縣級財政，並按規定設立‘工資資金專戶’”，“在此基礎上，為支持國家扶貧開支工作重點縣等中西部困難地區建立農村中小學教師工資保障機製，中央財政將給予適當補助”。
“以縣為主”的義務教育行政管理體製改革，要求縣政府要確保中小學教職工工資的足額發放。按照規定，農村中小學教職工工資要縣裏集中管理，2001年國家統一規定的工資項目和標準將農村中小學教職工工資總額上劃到縣，調整縣、鄉財政體製，由縣按照國家統一規定的工資項目和標準，統一發放農村中小學教職工工資。同時，《中華人民共和國教師法》中也規定，縣級政府安排使用上級的工資性轉移支付資金、農村稅費改革轉移支付資金和一般性轉移支付資金，首先要用於保證農村中小學教職工工資。