2003年3月，《關於幼兒教育改革與發展的指導意見》明確提出建立“由教育部門牽頭、有關部門參加的幼兒教育聯席會議製度”，並進一步規定了教育部門、衛生部門、財政部門、價格主管部門、建設部門、民政部門、勞動保障部門、編製部門、婦女兒童工作委員會和婦聯組織等的相關職責。然而，由於這個文件對各部門之間的職能、權限和責任配置規定不夠到位、明確，導致政府各相關職能部門之間職責定位不清，職權責劃分不盡合理，其中最突出的就是權責配置交叉，多頭管理、批管分離問題突出。例如，城市街道幼兒園在行政上由街道辦事處管理，業務上由區托幼辦指導，在人事工作的銜接上由區婦聯主管。當幼兒園經費陷入困境時，誰也拿不出解決的辦法。[11]在幼兒園審批方麵，“懂行者沒有審批權，有權審批者又不懂行”[12]，“多頭審批，批管分離”[13]。
由於現行學前教育政策與民辦教育相關政策法規在幼兒園審批登記注冊方麵的規定不明確且不統一，造成實際執行中民辦幼兒園可以在教育部門、民政部門和工商部門等多個部門注冊。民政部門和工商部門因缺乏專業力量，既不負責資格審查也不負責園所開辦後定期的監督和管理，導致出現了“批管分離”的問題。在民政部門和工商部門注冊的幼兒園，往往因為缺乏教育部門及其他相關部門的嚴格資質審查，存在著諸多不規範的辦園行為。這些幼兒園並沒有經教育行政部門審批，也沒有登記備案，這就導致教育行政部門往往並不了解這些幼兒園的開辦情況，或者即便知道這類園所的存在，但因為不是這類園所的審批注冊部門，也難以真正做到監管，這直接導致社會上出現了一批辦園條件不達標、安全隱患問題突出的“非法幼兒園”。