2003年9月1日，《民辦教育促進法》開始施行，標誌著我國民辦高等教育進入了規範發展期。這一階段，國家不斷出台政策，規範民辦高等教育的發展。
獨立學院作為民辦高等教育的一種新型辦學模式，是高等教育辦學體製改革的產物，在快速發展的過程中，也出現了亂發文憑、產權不清、質量低下、雙軌收費、管理混亂、違規招生等眾多問題。為此，教育部於2003年頒布《關於規範並加強普通高校以新的機製和模式試辦獨立學院管理的若幹意見》，要求堅決落實“民”“獨”“優”三項原則，“民”就是民辦機製，必須按民辦機製運行，不能走“民不民、公不公”的路子。教育部對這一條的態度十分明確，無論是省級教育行政部門還是申辦高校，都不要試圖走混合型的路子；“獨”就是要真正做到獨立辦學、獨立招生、獨立發放文憑、獨立財務核算、獨立法人；“優”就是辦優質本科。[2]2003年8月下發《教育部關於對各地批準試辦的獨立學院進行檢查清理和重新報批工作的通知》，對全國360多所民辦二級學院的“校中校”、以二級學院名義實行“雙軌收費”、產權不明晰、民辦機製不健全、不獨立發文憑等辦學失範行為進行了清理整頓，取消了100多所，重新備案最終確認了249所獨立學院。2004年7月，經教育部審核，在全國範圍內確認了233所獨立學院，基本做到了“獨立”：具有獨立的校園和基本辦學設施，實施相對獨立的教學組織和管理，獨立進行招生，獨立頒發學曆證書，獨立進行財務核算，具有獨立法人資格，能獨立承擔民事責任。
獨立學院中既有國有資本、集體資本，又有民營資本、國外資本，辦學模式多種多樣。依據投資渠道與合作方式的不同，獨立學院辦學模式可分為以下五大類型。[3]