民辦教育治理包括內部治理和外部治理兩個方麵，構建良好的內外部治理結構、建立現代化的民辦教育治理體係，是民辦教育研究和實踐關注的重要內容。對民辦教育治理問題的研究，依據主導思想和國家政策狀況可分為對民辦教育管理、民辦教育治理和民辦教育分類管理這三個問題的研究。涉及“管理”“治理”“政府”“分類管理”等關鍵詞。
（一）民辦教育管理
對民辦教育管理的研究涉及三個方麵：第一，內部管理。認為民辦學校內部管理在師資隊伍、專業設置、科學研究、教育經費和學生管理等方麵存在問題。要提高管理質量應加強師資隊伍建設，建立科學的內部管理製度，加強學生管理，健全教學秩序。[35]第二，外部管理。認為加強外部管理是民辦教育健康發展的關鍵，國家在對民辦教育實施外部管理中要堅持平等、自主、鼓勵和引導原則，堅持以平等和自主為基調、以鼓勵和引導為方向，促進民辦教育的持續快速發展。[36]第三，對製定管理政策的建議。認為加快製定地方配套政策對民辦教育發展具有重要意義。在製定地方政策時要著眼於國家政策未解決的核心問題，重視本地區的適用性，遵循“不抵觸、有特色、可操作”的原則[37]，製定出既能將地方條例和國家政策緊密結合，又切合地方發展實際的民辦教育管理條例。
（二）民辦教育治理
民辦教育治理是治理理論引入教育領域產生的一種新“管理”理念，相關研究對民辦教育治理中的問題、治理策略和政府責任等都進行了深入分析。研究認為我國民辦教育治理存在教育行政部門監管力度不夠、監管單位缺乏協同、民辦教育評估組織發育遲緩、缺乏有效的國家教育質量標準、相關法律不完善等問題。[38]建立良好的治理機製，要加快國家製度頂層設計，尊重高校各利益主體的權益，落實國家各項優惠政策，解決好民辦學校的辦學自主權，健全內部法人治理結構。[39]政府在民辦教育治理中扮演著宏觀協調者和監督者的角色，責任在於構建民辦教育多元治理模式，促進形成政府、民辦學校、市場和社會等主體的平等對話、相互協調和上下互動的夥伴關係，維護民辦教育公益導向及其公平的發展環境。[40]