良好的製度環境是民辦教育健康發展的保障，隨著民辦教育辦學實踐的推進，理論界也非常關注民辦教育製度問題，具體包括法人製度、產權製度、財務製度和稅收製度等方麵。涉及的關鍵詞有“產權”“營利性”“非營利性”“合理回報”和“公益性”等。
（一）法人製度
法人製度是國家規範市場主體的重要的法律製度。對法人分類製度的研究認為，我國對非營利性民辦學校法人的民辦非企業單位法人定位存在缺陷，應探索非營利性民辦學校登記為事業單位性質的法人製度，給予公辦和民辦非營利學校同等法律地位。[7]在法人籌資製度方麵，認為民辦學校籌資渠道狹窄、規範籌資行為的政策欠缺，應借助債券融資和股權融資等模式拓展籌資渠道[8]，國家應建立有效的政策和法律體係，以規範和幫助民辦學校獲得更多辦學資源[9]。在法人治理製度方麵，認為建立完善的法人治理結構，在外部製度上要實現民辦學校法人財產權的獨立，在內部權力配置上要建立二元管理體製、實現決策和管理的分離，完善學校的決策和監督機製。[10]
（二）產權製度
產權製度是對產權界定、運營和保護等的體製安排和法律規定。對民辦學校產權歸屬的研究，形成了產權歸國家所有、歸投入主體所有、政府直接投入之外的投入和收益私有，以及依據財產來源和學校類型做不同製度安排這四種觀點[11]，而實際上當前我國民辦學校產權歸法人或學校所有，學校存續期間的舉辦者和辦學者不擁有產權，國家政策對民辦學校產權關係界定不清[12]。明晰民辦學校產權歸屬，要承認舉辦者投資辦學逐利傾向的客觀性，在借鑒國外私立學校成熟法例的基礎上，建立產權清晰、責權明確、權義統一的產權製度。[13]民辦學校產權結構包括舉辦者投入的資產、國有資產、接受社會捐贈和學校滾動發展的資產等，單一產權結構對建立現代法人治理結構不利，多元產權結構對實現教育資源配置更有利，在多元產權結構中多考慮校長及教師的人力資源價值，有利於保障學校產權製度的效率。[14]