1999年，教育部根據第三次全國教育工作會議和有關文件的精神，針對試驗中反映出的問題，對“新課程方案”進行了修訂和完善，於2000年印發了《全日製普通高級中學課程計劃（試驗修訂稿）》和語文等學科教學大綱。在原兩省一市的基礎上，江蘇、山東、河南、黑龍江、遼寧、安徽、青海等省也於2000年秋季開始使用這套“新課程方案”。同時，全國統一使用了普通高中語文、思想政治兩個學科教學大綱的試驗修訂版；2001年全國統一使用普通高中體育與健康教學大綱的試驗修訂版。
2000年1月，教育部發布了關於全國使用《全日製普通高級中學課程計劃（試驗修訂稿）》和各學科試驗修訂版教學大綱的通知，[4]文件指出，1996年啟動的課程方案，於1997年在江西省、山西省和天津市進行試驗，受到試驗省、市師生以及專家的普遍好評。現在要認真學習領會《全日製普通高級中學課程計劃（試驗修訂稿）》的精神，從當地實際出發，積極進行普通高中課程改革，全麵提高普通高中教育質量。
文件指出，普通高中階段要進一步提高學生的思想道德、文化科學、勞動技能、審美情趣和身體心理素質，培養學生的創新精神、實踐能力、終身學習的能力和適應社會生活的能力，促進學生個性的健康發展，為高等學校和社會各行各業輸送素質良好的普通高中畢業生。
課程設置包括思想政治、語文、數學、外語（英語、俄語、日語等語種）、物理、化學、生物、曆史、地理、信息技術、體育和保健、藝術、綜合實踐活動13門必修課和數學、物理、化學、生物、曆史、地理、信息技術7門選修課，以及地方和學校根據學生興趣要求和發展需要所開設的課程。
課程安排各學年教學時間是：全年52周，教學時間40周；假期（包括寒暑假、節假日和農忙假）10-11周；機動時間1-2周。各學年教學時間40周的安排是：高一、高二年級每學年上課35周，複習考試3周，社會實踐和勞動技術教育2周；高三年級上課26周，複習考試12周，社會實踐和勞動技術教育2周。另外每周活動按5天安排教學，周活動總量34課時，每課時45分鍾。課程設置見下表。