（一）認識上不到位、不準確
“綜合高中”發展緩慢的原因首先是理論研究滯後、政策導向模糊，以及缺乏準確的價值定位。人們常用普職高中來替代綜合高中，甚至有不少的人認為，綜合高中辦學的目的就是為了解決“生源荒”的問題，在高一高二進行普通教育，高三對一部分升學無望的學生進行職業教育，使他們獲得一技之長。而大多數研究者和實踐者還停留在對綜合高中的表象認識上，將普通教育與職業教育的簡單相加看作是綜合高中的本質之所在，並沒有從根本上搞清綜合高中的綜合究竟是什麽？衡量一所高中是否屬於綜合高中的基本判斷標準有哪些？綜合高中的創辦是否需要自身的課程結構等問題。
（二）缺乏自身的課程結構
課程是學校培養目標得以落實的具體體現，也是教育教學活動實施的最主要依據。然而，遺憾的是，我國20世紀80年代以來綜合高中的發展，並沒有在課程上有所突破，2000年頒布的《全日製普通高級中學課程計劃（試驗修訂稿）》和2003年頒布的《普通高中課程方案（實驗）》都沒有體現綜合高中課程的綜合性和其與普職課程融合的特點。因此，無論是江寧中學模式，還是南京行知實驗中學模式以及無錫模式等，從本質上來說，隻是為高三升學無望的學生進行了職業技能培訓。縱觀20世紀80年代以來我國綜合高中的發展，主要以“拚盤式”為主，沒有體現和發揮出綜合高中的內在優勢，這往往使綜合高中的學生和普通高中的學生相比在基礎知識上處於劣勢，和職業學校的學生相比在專業理論上不足。專業技能訓練不夠，最終導致綜合高中的發展陷入困境。
（三）兩種學籍製度，兩種管理製度的影響
兩種學籍製度即普通高中學生學籍製度和中等職業學校學生學籍製度，而兩種管理製度主要是指普通高中和職業高中分別隸屬於不同的職能部門，采用不同的管理模式。普通高中和中等職業學校在教育部隸屬於不同的司管理。在兩種學籍製度下，不論是各省出台的《普通高中學生學籍管理辦法》，還是國家教委於1992年頒布的《職業高級中學學生學籍管理暫行規定》，基本都限製了不同學籍學生之間相互流動的可能。在兩種管理製度的影響下，基礎教育部門和職業教育部門各行其職，各負其責，都是基於各自的立場來設計學校的課程和實施教育管理。雖然縣域職教中心作為一種新型的辦學模式，不僅強調普通教育與職業教育在課程上相互融合與滲透，也強調師資的綜合性，以及在教育過程中給予學生多次選擇的機會，延緩學生分化的時間等（這些顯然對學生的漸進式成長有利），可是，縣域職業教育中心隻是一種學校類型，並沒有涵蓋縣域內的所有高中階段學校，高中階段的兩種學籍製度，兩種管理製度模式並沒有消除的跡象。