1992年，中共十四大確定我國經濟體製改革的目標是建立社會主義市場經濟體製。隨著經濟體製、政治體製和科技體製改革的深化，我國原有的與計劃經濟體製相適應的高等教育宏觀管理體製也暴露出一些弊端，主要表現在：高等學校隸屬關係複雜，管理上“條塊分割”現象嚴重，不利於統一管理；中央與地方教育行政部門之間、各級教育主管部門與高等學校之間職權、責任不清；政府對高等學校包得過多、統得過死，高等學校缺乏必要的辦學自主權。在這種形勢下，高等教育宏觀管理體製必須進行改革，逐步建立起與社會主義市場經濟體製、政治體製和科技體製相適應的高等教育管理體製。
（一）以適應經濟體製轉型為基礎的高等教育管理體製改革
從1992年到1997年，我國高等教育管理體製改革的重心在於突破適應計劃經濟體製的高等教育管理體製的障礙，探索適應社會主義市場經濟體製的高等教育管理體製。
1993年1月，國務院批轉《國家教委關於加快改革和積極發展普通高等教育的意見》，指出：“高等教育管理體製和改革方向是，逐步實行中央與省（自治區、直轄市）兩級管理、兩級負責為主的管理體製。”[15]為此，文件要求改革原有的由國家包辦高等教育的單一體製和模式，探索適應社會主義市場經濟體製、調動社會辦學積極性、多種形式和途徑發展高等教育的新路子；進一步改革原有的國家集中計劃和政府直接管理的辦學體製，逐步建立和完善國家統籌規劃和宏觀管理、學校麵向社會自主辦學的新體製；改革高等教育投資體製，逐步建立財政撥款為主、多渠道籌措經費的投資體製；進一步改革招生計劃體製，實行國家任務計劃和調節性計劃相結合；進一步改革高等學校畢業生“包當幹部”和由國家“統包統分”的就業製度，實行少數畢業生由國家安排就業，多數畢業生自主擇業的就業製度。