中共十一屆三中全會以後，改革開放成為我國的基本國策，我國在政治、經濟、教育等領域全麵撥亂反正，高等教育事業逐步恢複和發展。我國重新確立了對高等教育實行統一領導、分級管理的宏觀管理體製，高等教育宏觀管理體製逐步完善。
（一）統一領導、分級管理製度的恢複
1977年8月8日，鄧小平在科學和教育工作座談會上發表了《關於科學和教育工作的幾點意見》的講話。他指出，教育工作“需要有一個機構，統一規劃，統一調度，統一安排，統一指導協作”[13]。1978年2月，《國務院轉發教育部關於恢複和辦好全國重點高等學校的報告的通知》的附件《關於恢複和辦好全國重點高等學校的意見》要求：“根據有利於黨的領導，有利於發揮中央和地方兩個積極性，有利於在教學和科學研究工作中早見成效的原則，對全國重點高等學校要實行統一領導，分級管理。教育部應根據黨中央、國務院的指示，研究製定有關全國重點高等學校的具體方針、政策和實施辦法等。有關部委和省、自治區、直轄市應結合本行業、本地區的情況，組織所屬全國重點高等學校貫徹執行。麵向全國和麵向地區的全國重點高等學校，除少數院校實行有關部委直接領導外，多數院校實行有關部委和省、自治區、直轄市雙重領導，以部委為主……麵向省、自治區、直轄市的全國重點高等學校，原則上由本省、自治區、直轄市領導，有關部委要給予支持。”這個文件標誌著我國開始在全國重點高校恢複統一領導、分級管理的體製。
1979年9月18日，中共中央又批轉了《教育部黨組關於建議重新頒發關於加強高等學校統一領導、分級管理的決定的報告》，肯定了1963年的《中共中央、國務院關於加強高等學校統一領導、分級管理的決定（試行草案）》的效果，認為除個別條文由於情況發生了變化需要略加修訂外，其基本精神和各項主要規定仍是適用的。此後，我國開始在全國高等學校恢複統一領導、分級管理的體製，國務院各部委和各省、市、自治區對各自所屬的高等學校的領導管理關係進行了調整。經過這次管理體製的調整，國務院各部委加強了對重點高等學校的領導，各部委所屬的高等學校數增加了。至1981年，恢複“中央統一領導，中央和省、市、自治區兩級管理”的工作基本完成。1981年，全國共有高等學校704所，由教育部直接領導管理的有38所，由國務院其他各部委領導管理的有226所，由省、市、自治區領導管理的有440所。