新中國成立以來，特別是中共十一屆三中全會以來，我國高等教育宏觀管理體製不斷調整改革，既有成功的經驗，也有失敗的教訓，值得認真反思。
（一）高等教育宏觀管理體製改革的核心主題與成就
幾十年來，我國高等教育宏觀管理體製的改革主要涉及四個方麵的內容：一是解決中央和地方的關係問題；二是解決部門辦學的體製問題；三是解決政府和學校的關係問題；四是解決社會和學校的關係問題。
新中國成立以來，中央和地方的關係問題一直是我國高等教育管理體製改革的焦點。從新中國成立初期到1957年，我國對高等學校采取集中統一管理，強調中央的管理權限，而當集中統一管理影響了地方辦學的積極性時，從1958年到1962年又實行權力下放、分級管理的管理體製，強調地方的管理權限，結果中央的宏觀管理遭到削弱，於是從1963年到1965年調整為統一領導、分級管理的體製，但好景不長，“**”的爆發使整個高等教育處於失控狀態。改革開放以後，我國恢複了統一領導、分級管理的體製，並通過30多年的改革，權力過於集中在中央和教育部的現象不斷改善，省級人民政府在學校和專業設置、招生計劃製訂方麵的權力不斷加大，基本完成了高等教育管理體製和布局結構的調整，形成了中央和省級人民政府兩級管理、以省級人民政府管理為主的新體製，提高了教育質量和辦學效益。
部門辦學的體製問題也是我國高等教育體製改革的核心問題。新中國成立後，我國學習蘇聯的高等教育管理體製，不但將高等學校分為中央部門直接管理的學校和委托學校所在地的大行政區或省級政府管理的學校，而且在中央部門和省級政府管理高等學校的內部又分為教育行政部門直接管理的高等學校和委托其他有關業務部門管理的高等學校。幾十年來，部門辦學現象時強時弱，到1996年，部門辦學達到最高峰，有62個中央部門辦了366所普通高校。這些學校大都是某一個行業的龍頭學校，為特定行業的發展做出了重要的貢獻，但是隨著經濟體製的轉型和機構改革的推進，部門辦學體製已經難以適應形勢的需要。1998年出台的《國務院關於調整撤並部門所屬學校管理體製的決定》和1999年出台的《國務院關於進一步調整國務院部門（單位）所屬學校管理體製和布局結構的決定》按照“共建、調整、合作、合並”的方針，解決部門辦學問題。除教育部、外交部、國防科工委、國家民委、公安部、安全部、海關總署、民航總局、體育總局、僑辦、中科院、地震局等部門和單位繼續管理其所屬學校外，國務院部門和單位不再直接管理學校，部門辦學、“條塊分割”的問題基本得到解決。