盡管40年來我國高等教育辦學體製改革取得了令人矚目的成就，但現有辦學體製還遠遠不夠完善，仍然存在諸多問題和不足，主要表現在以下幾個方麵。
（一）高等教育中的非政府辦學主體力量仍然較弱，難以滿足人民群眾對高等教育多樣化的需求
從機構總數來看，截至2016年年底，盡管我國民辦高等學校達1555所，但其中具有頒發學曆文憑資格的民辦高校僅742所（其中獨立學院266所），而全國公立普通高等學校和成人高等學校總共為2138所。具有頒發學曆文憑資格的民辦高校數與公立高校數之比約為0.35∶1，公立高校的數量遠遠超過民辦高校的數量。
從辦學層次來看，目前民辦高校主要開辦本、專科層次教育，僅有極少數民辦高校取得了研究生教育的舉辦權。雖然266所獨立學院全部屬於本科院校，但獨立學院主要由其母體公立高校舉辦，帶有很大的公立高等教育的特點。
從學生人數來看，截至2016年年底，民辦高校在校生共計634.06萬人，其中，碩士研究生在校生715人，本科在校生391.52萬人，高職（專科）在校生242.46萬人；另有自考助學班學生、預科生、進修及培訓學生35.45萬人。而公立高校在校生總數為2844.28萬人（包括普通高校生和成人高校生），民辦高校（包含獨立學院）學生數與公立高校學生數之比為0.22∶1。
也就是說，無論從機構數看還是從學生數看，民辦高等教育仍然處於絕對弱勢地位，主要開展本、專科層次的學曆教育和其他類型的培訓教育。這一方麵說明民辦高等教育的總體辦學水平還有待提高，同時也說明民辦高等教育的發展規模仍然偏小，雖然形成了“一主多元”的辦學體製，但居於支配地位的還是“一主”，即以政府辦學為主。“一主”辦學的局麵沒有得到根本改變，人民群眾對於高等教育多樣化的需求仍然沒有得到充分滿足。