1998年5月4日，時任國家主席江澤民在慶祝北京大學建校100周年大會上發表講話，提出“為了實現現代化，我國要有若幹所具有世界先進水平的一流大學”。同年12月24日，教育部發布《麵向21世紀教育振興行動計劃》，提出要相對集中國家有限財力，調動多方麵積極性，從建設重點學科入手，加大投入力度，對若幹所高等學校和已經接近並有條件達到國際先進水平的學科進行重點建設，爭取使若幹所大學和一批重點學科在10～20年內達到世界一流水平。這項重點建設計劃被稱為“985工程”。1999年，教育部分別向北京大學、清華大學投入18億元，“985工程”開始實施。此後“985工程”建設範圍不斷擴大，一期（1999—2003年）建設共有34所高校加入，二期（2004—2007年）建設又有5所高校加入，從而使“985工程”重點建設的高校達到39所。
“985”工程一期建設側重學校的整體建設和重點學科建設，二期建設的任務是“鞏固一期建設成果，為創建世界一流大學和一批國際知名的高水平研究型大學進一步奠定堅實基礎，使一批學科達到或接近國際一流學科水平”[15]。其目標是：通過管理體製創新、運行機製創新，積極探索世界一流大學建設的新機製；造就和引進一批具有世界一流水平的學術帶頭人和學術團隊；結合國家創新體係建設，重點建設一批“985工程”科技創新平台和“985工程”哲學社會科學創新基地，促進一批世界一流學科的形成，推動學科建設。
“985工程”的建設任務包括以下幾個。
第一，機製創新，即按照世界一流大學建設的要求，改革現行的管理體製和運行機製，以適應世界一流大學建設的需要。它具體包括人事與分配製度、科研管理與學科組織模式、績效考核與評價機製等方麵的創新。