民間評估發展較快，一些中介機構、社會組織開始參與高等教育評估，這種參與有利於政府、學校和社會間的互動，減緩高校對政府的過度依賴。但這些民間機構與官方評估機構或政府授權的評估機構之間，在資質方麵差異很大。由於我國高等教育民間評估機構的資質和管理方麵還存在各種不足，民間評估在增強社會與高等學校間的聯係、提高社會對高等學校的關注與監督力度的同時，也對高等教育的發展造成了一定的負麵影響。這種負麵影響主要是由評估的科學性問題引發的。以民間評估影響最大的廣東管理科學研究院的評估為例，其發表的中國大學排名的若幹結果引起了社會各方麵的批評，主要集中在評估的價值導向和評估工具的科學性方麵。
該評估所使用的指標體係設計方麵存在不足，使評估結果難以反映高等教育基本價值取向和學校運營的實際結果，也難以可靠地反映出院校間的水平差異和各自的辦學特點。如其曾經使用的一級指標是學科專業數量、學生數量和科研成果數量三項，2001年的評估中，取消了學科專業數量指標，用學生數量和科研成果數量作為反映學校社會貢獻的一級指標。即使如此，規模決定一切的價值導向依然十分強烈，這種導向在三級指標的權重分配方麵表現得更為明顯。這樣的評估所產生的排名是很難反映院校的實際學術水平與綜合能力的。這種導向作用對於目前高校建設中的爭上專業、爭擴規模，忽視發展目標和管理製度建設的傾向不能說沒有責任。規模與學術能力並非正比關係，產量的多寡也不能直接轉換為社會貢獻，質量是決定社會貢獻的重要因素，影響學術能力的因素也是多方麵的。
民間評估機構在進行評估時，評價指標不宜輕易修改，要有一定的穩定性。如吉林大學，在網大2002年的大學排行榜中排第20名，2003年排第31名，湖南大學在網大2003年的排行榜中排第62名，2004年排第41名，一個大學在短短一年中的變化一般不可能非常大，但在一年時間的排名相差如此大，說明評價體係的穩定性有問題，也說明民間評估機構仍處於一個不成熟的發展階段。