政府在高等學校教學質量保障體係和社會對高等學校教育質量的監督製度中扮演著雙重角色，它既是高等學校教學質量保障和社會對高等學校教育質量的監督工作的宏觀調控者，又是高等學校教育質量的行政監督者。在目前的評估活動中，政府既是辦學者又是管理者。政府的管理者角色使政府評估對高校存在較強的導向作用。由於政府主持的評估導向作用太強，容易引起高校間因名聲、利益的競爭而產生的畸形競爭，從而導致在評估過程中學校弄虛作假，評估結果往往很難反映高校的真實情況。此外，教育主管部門如果集管理者與評估者於一身，權責不清，可能會在製定評估指標時考慮自己的位置和利益，從而有失公正，也易產生“報喜不報憂”的弊端。
政府機關在高等教育評估中，應從評估的直接實施者轉變為各種政府評估機構的組織者和協調者。在上述政府的兩種角色中，政府對高等學校教學質量保障和社會對高等學校教育質量的監督工作的宏觀調控職能是主要的，政府應當逐步加強法製建設，通過完善教育評估法規體係和立法機製，建立各類教育質量標準，利用市場機製對高等學校的發展進行宏觀管理，保證評估中高等學校的主體性地位，充分調動高等學校參與評估的積極性；政府還應積極推動中介機構的規範發展，為其評估功能及效果的順利實現創造一個良好的政策環境。