20世紀90年代以來，政府和政府委托的評估雖然與高等教育發展的政策製定和工作推進關係密切，對高等教育改革實踐的發展產生了極為重要的促進作用，但不可否認，來自政府的評估大多數屬於局部性的和階段性的評估，往往與政府特定部門的工作開展和特定時期的政策貫徹直接相關。結果是政府評估在全麵把握和引導高等教育的整體發展方麵的力度不夠大，評估導致的政策效果也不夠穩定，評估影響更多地表現為缺乏時效性的事後清算和缺乏穩定性的短期效應。
從提高高等教育整體水平的角度而言，政府評估應注重發揮對院校整體水平的促進作用和對高等教育長遠發展的影響作用，應該形成和表現政府一貫性立場的價值導向。這就要求政府主導的評估無論從評估內容還是從評估目的來看，評估本身應該具有持續性和穩定性的特點，以給其領導下的學校一種穩定的價值引導和穩定的行為預期。學校在清楚地了解該幹什麽、行為結果是什麽之後，才能對自身的管理做出切實可行與穩定的行動計劃，並加以貫徹。否則，學校難以做出長遠的發展規劃，隻好一步一步地等待，看看下一次的政府評估關注的是什麽、做得好與不好的結果又是什麽，再來決定自己該怎麽辦。結果是上上下下都處於被動的狀態，我國的高等教育發展也會是一波三折，缺乏穩定性。
政府主導的高等教育評估還應該更多地反映受教育者的利益與需求的滿足情況，反映高等教育組織成員在學習與工作過程中的滿意情況。畢竟政府是代表人民對教育實施管理職能的機構，對高等教育的多元利益相關者的關注應該體現公平原則。也就是說，政府評估的作用不隻是對高校進行檢查和監督，同時還應該為全社會服務，包括為高校服務。高校可以從政府的評估信息中了解自己的狀況，尋求對進一步發展有價值的參考信息；社會各行各業可以了解高校和高等教育整體發展狀況的可靠信息並加以利用；社會的不同群體能夠利用政府評估的可信依據對高校進行選擇與監督。這就意味著政府的評估結果應該公開，應該利用評估結果向社會提供可靠的高等教育運行信息。在高度信息化的時代，政府評估結果的公開與透明化對於評估本身的成熟、政府管理水平的提高、高等教育的整體發展和進步都是必要的和重要的。