“學校製度是學校教育不可缺失的構成，也是學校變革中不可忽視的重要力量。”[8]有研究者認為當前學校德育的低迷很大程度上正是源於德育係統上所出現生態性的危機，具體體現在管理體製的刻板化，忽視生命個體的多樣性；管理關係的對立化，造成德育共同體關係的不和諧；管理環境的封閉化，引起德育生態係統的斷裂。[9]
上述問題與發展方向，在學生工作中的製度建設方麵，表現尤為突出。當前我國中小學內的學生工作，不是沒有組織機構，而是缺乏整合、缺乏領導力；不是沒有運行機製，而是缺乏創生、缺乏動態、缺乏有機；不是沒有教育價值，而是缺乏自覺。結合中國基礎教育改革實踐，學生工作領域中的製度建設這一“短板”必須盡快補上。
（一）組織整合與創建
首先是學校學生工作領導機構的整合。在理念引領與整體策劃的基礎上，當前迫切需要加強整合，提升整體領導力。許多學校都建立有德育處、學生工作部（處）等，但往往同時有大隊部、團委等機構。它們直接與教育局、共青團兩類行政與黨團組織對應。這看似銜接合理，但一旦轉換到對學校內部的管理，很快就暴露出問題：班主任與中隊輔導員往往是同一個人，但卻常常接受兩條“線”的領導，相通的甚至是類似的工作要求，會由不同的組織下達，工作中的重複性、繁雜性可想而知。針對這一問題，必須尊重學校學生工作的內在整體性、有機性要求，在學校組織層麵首先實現整合。部分學校將兩類組織合二為一，統一領導；或清晰界定兩類組織的關係，要求兩類組織在工作策劃與開展中加強溝通、交流，減少重複性工作安排。
其次是年級組建設。在部分高中，年級組的職能涉及教學、學生工作、教師管理等多領域。在更多的中小學裏，年級組往往直接負責學生工作，與教研組主管教學改革相對應。此時，年級組的建設就事關學校學生工作的整體質量。就改革走向看，需要凸顯年級組對本年段學生成長需要的研究，自主策劃、組織本年級學生活動，創造性地建構本年級學生工作的教育係列。與此同時，年級組要直接麵向各班級，在班主任配置、培養，組織學生工作研討，整體參與學校大型學生活動，形成年級個性等方麵，多加著力。