中國校本課程開發發展迅速，卻仍然遭遇到來自認識、製度、實踐等諸多方麵的挑戰。
（一）中國校本課程開發的挑戰
徐玉珍指出，對中國而言，校本課程開發具有幾項現實意義：可以彌補國家課程發展的不足；運用校本課程開發則能更加滿足地方和學校及學生的需求；有助於促進教育民主化發展過程；有助於推動中國內地素質教育改革的深化，即全民教育及全方位的教育；有利於學校更好地適應市場需求；有利於教師的專業發展；有利於形成學校的特色；有利於促進教育的合作與交流。[55]校本課程開發實踐中，取得了一定的成績，積累了一定的經驗，個別學校形成了較為成熟、完備的課程開發機製與模式，一些學校通過校本課程開發促進了學生和教師的發展，形成了學校特色，推動了課程發展。崔允漷等人對中國內地校本課程開發狀況做了一次比較全麵的調查研究，結果發現，90%的學校在不同程度上進行了校本課程開發，76.6%的教師認為自己能夠勝任校本課程開發，有將近60%的教師積極參與校本課程的開發，一半以上的教師（56.8%）能正確理解課程的基本內涵，97.1%的教師常常或有時思考教學內容的問題。[56]盡管如此，中國內地校本課程開發仍然麵臨著一些困難。[57]從整體上看十餘年中國的校本課程開發，仍然處於初級階段，目前和在將來的一段時間內都會麵臨很多實際問題和困難，尤其表現在概念含混、權力分享不足、群體參與度不高、評價製度鉗製和發展失衡五個方麵。
1.概念含混
盡管校本課程開發研究取得了一定成果，但關鍵概念的理解仍然不夠清晰。校本課程開發理解為“開發策略”還是“開發產品”？校本課程開發與“校本課程”“校本管理”有哪些不同？國家課程、地方課程與校本課程關係究竟如何？國家課程校本化實施與校本課程開發、學校課程整體規劃的關係如何？“校本課程”與綜合實踐活動、活動課、選修課的關係又是怎樣？如此等等，理論概念上的含混，導致學校和教師在對校本課程開發認識上各執一詞，引起不少誤解，實踐操作自然缺乏明確的方向，最終影響校本課程發展的品質。