主題確立階段，教師需要將學生的各種想法與問題加以歸類和整理，並按一定的原則及要求加以分析和梳理，也就是在指導學生整理和分析問題的基礎上，指導學生對主題進行分解，正確地表述主題，盡可能避免選擇主題常見的錯誤，指導學生對主題進行論證，最終選擇具有研究價值和可能實行的綜合實踐活動主題。
（一）指導學生整理和分析問題
問題產生以後，就要對學生提出的各種各樣問題進行初步的整理和分析，為最終確立主題打好基礎。
1.幫助學生分析問題的價值
學生關注的問題五花八門，並不是所有的問題都可以作為綜合實踐活動的探討主題，隻有具有科學性和研究價值的選題才能成為學生開展探究活動的主題。教師應幫助學生分析主題的價值，通過比較分析的方法，對各種問題的重要性進行篩選，分析哪些問題是主要的，哪些問題是次要的，哪些問題是有所創新的，哪些問題是有待考察的？通過初步分析，為最終確立最有價值的主題提供比較可靠的基礎。
2.指導學生將問題進行歸類
有些問題本身有一定的價值，但作為綜合實踐活動的主題缺乏實施的可行性，因此，也不能作為綜合實踐活動的主題。例如，有的學生提出要研究宇宙問題，雖然有很強的科學性，但對於一般的小學生而言，顯得過空、過大，畢竟小學生學習的知識還十分有限，不具備研究的可能性，不能成為開展探究的主題。因此，教師應要求學生先就通過各種途徑搜集到的資料、產生的問題進行交流，展開討論，再引導學生將這若幹問題進行歸類、整合，從而為問題進行篩選提供前提。
3.指導學生對問題進行篩選
問題的篩選過程，實際上就是對問題去粗取精、去偽存真的過程。去粗取精就是去掉粗糙無用的，選取精華有用的[8]。在問題的篩選過程中，教師要指導學生學會在大量的問題中選擇比較重要的關鍵問題。去偽存真就是去掉假的，保存真的[9]。由於受各方麵的客觀條件限製，特別是小學生自身知識有限，他們一開始提出的問題不一定都是正確的、真實的，可能存在某些錯誤的、虛假的問題。在問題篩選過程中，教師指導學生按照去偽存真的原則對問題進行篩選的過程，就是去掉假問題、保存真問題的過程。通過去偽存真，篩選出來問題更真實、更準確、更可靠。