1912年2月底至3月初，魯迅應教育總長蔡元培邀請到南京臨時政府教育部任部員，但政權隨即被北洋軍閥袁世凱篡奪，5月初，魯迅隨教育部北遷。1912年5月起在北洋政府教育部任部員，屬社會教育司第二科，1912年8月起被任為僉事。8月26日，教育部公布了第一批經過任命的科長，魯迅為社會教育司第一科科長。因原第一科此時已被並入內政部，魯迅原屬的第二科被改為第一科了。1925年8月，因積極支持北京女師大學生運動，魯迅被章士釗非法免職，1926年1月始恢複僉事職務，但被派“在秘書處辦事”。[37]
五四運動前夕，魯迅的主要精力開始轉向新文化運動，反帝反封建鬥爭成了魯迅生活的主要內容。但當時他唯一的社會工作是在教育部任職。他領導的社會教育司第一科，算是當時關於文化方麵的最高管理機構。
魯迅很早就十分重視文學藝術的教育作用。他在1908年寫的《摩羅詩力說》中，就著重提倡反侵略反壓迫的抗爭文藝，用以啟發人民的覺悟，鼓舞人民的鬥誌。蔡元培提倡美育，魯迅大力支持。1912年6月，教育部舉辦“夏期美術講習會”，魯迅負責講《美術略論》，連續講4次。蔡元培辭去教育總長職務後，守舊派就企圖取消美育。接著，當時正在舉行的全國臨時教育會議果然做出刪除美育的決議。魯迅對頑固派的這一行為十分憤慨，他在7月12日的日記上寫道：“聞臨時教育會議竟刪美育，此種豚犬，可憐可憐！”[38]
1913年2月至5月，北洋政府教育部召開讀音統一會，任務是審定字音、核定音素和製定字母。魯迅與許壽裳等都被教育部選聘為會員，參加討論。會上意見分歧很大，到討論製定字母方案時出現三派，各執己見，互不相讓。最後，由魯迅與許壽裳、馬裕藻等共同建議，主張以會上審定6500多字的字音時使用的記音符號作為字母，“迨表決後，竟得多數”。[39]這套字母，就是為中小學一直沿用到中華人民共和國成立的“注音字母”。在拉丁化的拚音字母製定和使用前，它在幫助學習文化方麵起過很大的作用。