西學東漸雖然幾近中斷，但外國人在中國的傳教活動始終沒有停止過，特別是在中國南方沿海一帶。他們為了傳教的方便，在當地辦起了學校。於是，中國大地上出現了一批教會學校。它們是中國近代教育之肇始。
據史料記載，最早的西式學校是1807年最早來華的英國基督教傳教士瑪利遜於1818年在馬六甲開設的“英華學校”。1835年，瑪利遜死後，香港等地教士成立了“瑪利遜教育協會”來紀念他。1839年，美國傳教士布朗（S.R.Brown）在廣州開設了一所小學，但不久就被當地人趕走，遷往澳門開設了一所瑪利遜學校。鴉片戰爭失敗，《南京條約》簽訂後，外國傳教士開始大量進入中國，並在中國辦學，通過辦學傳教。最早辦的學校有：1844年由英國“東方女子教育協進社”派遣的愛爾德賽（Aldersey）在寧波開設的女子學校；1845年美國長老會在寧波建立的一所學塾（1867年遷往杭州，名為育英書院，後來發展為之江大學）。19世紀下半期，隨著美國殖民主義勢力的向外擴張，美國教會掀起了一個國外辦學的熱潮，因而也紛紛到中國來辦學。這一時期美國教會創辦的學校有：1864年美國長老會傳教士狄考文在山東登州開設的文會館，這可以說是中國大地上出現的第一所中學，此前教會學校都是小學水平；1866年英國浸禮會在青州設立的廣德書院，後與文會館合並為廣文書院，設在濰縣，到1917年發展為齊魯大學；1864年美國公理會傳教士柏亨利（Henry Blodget）設立育英學堂，1912年改為中學；與此同時，美國聖公會傳教士裨治文夫人格蘭德開辦了貝滿女學堂，1895年設中學課程等。教會學校數目急劇增加，根據1877年和1890年在上海舉行的兩次“在華基督教傳教士大會”的報告：1876年，男日校177所，學生2 991人，男寄宿學校31所，學生647人；女日校82所，學生1 307人，女寄宿學校39所，學生794人；傳道學校21所，學生236人。學校總數350所，學生總數5 975人。1889年，學生總數達16 836人。[6]十三年間，教會學校學生增加了1.5倍。