微課程的設計是一個係統工程，一般要經過選題設計、授課視頻拍攝、後期加工、在線發布實施、評價反饋等環節，才能確保其質量。
（一）主題設計
微課程的選題要精練，教學內容要明晰，或針對課前導入，或針對關鍵概念講解，或針對難點突破，或針對課後拓展延伸，可以是知識講解、教材解讀、題型精講、考點歸納，也可以是方法傳授、經驗分享等方麵的展示。
（二）課程內容設計
微課程的內容有一定體係，既要完整又不能占時太長，因此涉及的教學目標不應太繁雜，內容體係關係也應簡潔，每一個課程具體內容的學習不宜耗費學習者太多時間。
（三）教學過程設計
微課程的教學過程要簡短，重點突出。教學過程要注意包括對問題提出、活動安排、學生學習等環節的考慮和設計。
1.教學過程快速引入
微課程每一講或每一課都要開門見山直入主題，關聯緊湊，迅速切題。具體方式可以是疑問導入、現象導入或操作演示等，也可以從以前的基本教學內容引入。
2.內容組織線索要清晰
微課程要盡可能圍繞主要線索展開具體內容的組織。圍繞這條線索突出重點內容，展示主幹內容，剪掉可有可無的內容，以避免體係複雜、內容繁多。具體內容的教學中重點要突出，內容要精而簡，講解簡明清晰，以免引發新的疑問。
3.設計總結點評，提煉學習內容
好的總結可以對學習內容起到提綱挈領的作用，可以加深學生所學內容的印象，減輕學生的記憶負擔，因此課程中安排必要的總結點評能提高學生學習的效果。
（四）資源設計
微課程的教學內容一般要求指向明確、主題突出、相對完整，通常用視頻的方式“統整”教學設計（包括教案或學案）、多媒體教學素材和課件、練習測試、學生的反饋等相關資源，構成一個主題鮮明、結構緊湊、類型多樣的“資源包”，便於學生按需學習。