“蜀學”二字在清末已較流行，其時有兩個團體都以此命名，一是楊銳等1898年在北京成立的蜀學會（並設有蜀學堂），二是同一年宋育仁等在成都尊經書院設立的蜀學會（刊行《蜀學報》）。粟品孝教授已指出，前一個蜀學會“與蜀地一脈相承的蜀學關係不大”，其取名“蜀學”者，僅僅因為發起者和參加者均為蜀人也。後一個蜀學會則明確提出“昌明蜀學”的口號，而其所謂蜀學“就是蜀地之學，具體是指在蜀地學習以儒家經學為核心、包括西學在內的學術文化”。不過，這裏似乎仍需稍做辨正。楊銳等所辦蜀學會與其時閩學會、浙學會、湘學會等團體相類，其中，蜀、閩、浙、湘等地名更多地隻是一個詞頭，其關鍵部分是在“學會”二字，確與一般在學派意義上使用的“蜀學”、“湘學”等落實在地域上的概念不同。至於宋育仁等設立的蜀學會，情形似稍複雜。一方麵，粟教授已引用過的《蜀學會章程》第一條雲：“現在時事棘艱，疊奉上諭，各省振興學校，以期儲才備用。學使慨濟時艱，尤以振興蜀學為念。”此處所謂“蜀學”者，主要意指學校，仍非學派也。就此而言，它和北京蜀學會雖有偏重教育和議政的不同，本質上似無甚差別。惟另一方麵，《蜀學報》主筆吳之英又說：“蜀故有學也，何至今日始會始報也？曰：蜀學微矣。學者失其所學，今將返吾故焉，故以蜀學名也”。[113]此“蜀學”實已涵蓋整個文化學術（或仍包括學校在內），而“返吾故焉”四字更直接透露出強烈的地域自覺，含有明確的認同意味。
晚清時期對“蜀學”一詞的使用，值得注意的還有兩個例子。其一是光緒十四年（1888年）冬初刊的《蜀學編》。此書原為尊經書院兩位學生方守道、童煦章所輯課藝，原題《蜀賢事略》，經曾任四川學政的直隸寧河高賡恩（1841—1917）與尊經書院山長伍肇齡（1826—1915）增補而成。此書收集四川曆史上“心術、學術不詭於正”的學人，輯錄其事跡，參考的範本是《關學編》、《洛學編》、《北學編》等著作。這裏的“蜀”標定的毋寧是“四川”這一地域範圍，近乎宋育仁等人的用法。特別要提出的是，《蜀學編》的編纂雖由高賡恩發起，意在訓士，而編者多為蜀人，更多一重地方認同之感。伍肇齡在序中就說：“由是敦崇四教，以上溯鄒魯淵源，將張、魏所詣，尚可擴充，豈徒以揚、馬文章誇冠天下哉！”[114]顯然，伍氏對川人為學“徒以揚、馬文章誇冠天下”甚不以為然，在他看來，此編是要通過對“蜀學”淵源的發掘，以振拔蜀地士風。