可以說，知識人有意無意間也對其自身的邊緣化做出了“貢獻”。在尊西崇新的過程中，當知識人將傳統學問的載體“士”擠到了社會的邊緣時，他們實際上促成了整個讀書人的邊緣化。如果說在整個社會體係中存在著讀書人的邊緣化的話，在讀書人群體之中還有很不一樣的兩個社群：一是更加邊緣化的遺存之“士”，一是正在興起的邊緣知識人。現代知識人比士當然要新，新興知識人與遺留的士兩者之間如果出現競爭，通常是前者取勝。但在整個社會的地位，近現代社會中知識人卻明顯不如當年的士了。士為四民之首意味著士在社會上扮演領導角色，四民社會解體後，知識人因其浮動性和邊緣化，卻未能完全接替這一社會的領導角色，於是出現中間主幹之位空虛的現象。
同樣，科舉製的社會功用並不止於教育。它在整個傳統中國社會結構中起著重要的聯係和中介作用。但是，清季人在改革和廢除科舉製時基本隻考慮到其教育功用並試圖加以彌補。科舉製的其他社會功用，有些是非常重要的，基本不在時人考慮之中，自然也談不上填補，但其社會後果卻是長遠的。
中國曆史上科舉考試最高一層即在京城，同時更於京師設大學、太學、國子監、翰林院等，並集中了相當數量的職業“言官”。這些製度，在不同程度上起著思想的社會聚合作用。結果使京師不僅為政治中心，同樣也是全國性的思想言說中心，士人的思想多以京師為依歸。龔自珍以為，京師的重要，很大程度上即在其能聚集古今典籍，供天下有心人觀覽，故此遊士雲集，人文薈萃。換言之，京師的地位，正在其能為天下思想中心並能吸引天下有識之士。[56]
在龔生眼裏，帝王和士人間顯然有一種既對立又統一的“辯證”互動關係。雙方既相互依托，又實存競爭。由於士人是“四民之聰明喜議論者也。身心閑暇，飽暖無為，則留心古今而好議論”。故對“人主之舉動措置，一代之所以為號令者，俱大不便”。所以，曆代帝王在京師廣置樂籍，也是為了以聲色“箝塞天下之遊士”。[57]但帝王需要集多士於京師參政議政是很明顯的。唐太宗謂天下英雄盡入彀中，其實也不無此意。到京師不能為思想言說中心，即政治中心與言說中心兩分時，多半已是亂世而非治世。