1920年9月，蔡元培在北大開學時對學生講話，一改五月間直接的批評，轉用勉勵和引導的方式說，“一年以來，覺得學生方麵近來很有覺悟：把從前硬記講義、騙文憑的陋見漸漸兒打破了，知道專研學術是學生的天職”。他們“不但有研究學術的興趣，兼且有服務社會的熱誠，這也是可喜的事”。不過他不忘提醒學生，“服務社會的能力，仍是以學問作基礎，仍不能不歸宿於切實用功”。接著他說出了一個與他所謂學生“精神上的損失”相關的問題，希望學生們在“勵行自治”的同時，先要以身作則：“去年以來，尊重人格的觀念，固然較從前為發達，然試各自檢點，果能毫無愧怍麽？”所謂自治，就是“人人能管理自己，同學能互相管理”。隻有這樣，才可以不像從前那樣需要學監、舍監的管理。[47]
這是一種相當溫和的提示，即學生如果不想被他人“管理”，就要真能實行“尊重人格”的自治。一個多月後，蔡元培又對北大同學說：“五四”後“大家很熱心群眾運動、示威運動”。此前的大運動雖有效果，“但這種驟用興奮劑的時代已過去了，大家應當做腳踏實地的工夫”。接著他再次論及自治問題，“本校學生的自治近來比從前好多了。但是宿舍裏、公寓裏，也還免不了鬧笑話。校外說我們的人很多”。他以學生會裏鬧意見時往往以揭帖相互攻擊為例，指出這些做法有損人格；並主張“我們見了別人的過失，總要用憐愛的意思勸告他，不可驟加攻擊”。他尤其希望北大同學能“互相親愛，厚於責己，薄於責人”。[48]
上麵多少還是校長對校內的說話，隨後他到湖南發表了一係列的演講，除兩三篇專門涉及美學的演講外，蔡元培不時把自己對學生的希望化為已經發生的事實，用以詮釋北大或北京的學生運動，並借此激勵湖南的學生。那一係列演講基本有兩個主題，一是北大學生的注意力在“五四”後已從社會轉向校園，正致力於求學；另一個則與他在北大所講的“自治”接近，即強調自由和民主“不是不守秩序”，學生要能“自己尊重自己”和“自己管理自己”，然後才可減少教職員的管理。而且，學生入學，即等於自動接受了校園既存規則的約束，故對這些規則應有足夠的尊重，不宜隨意推翻。