陳獨秀南下上海後所發生的一件事，是《新青年》與其長期合作夥伴群益書社決裂，改由“新青年社”獨立發行。事情的起因是7卷6號的刊物頁數增加很多，書社要提高定價，而陳獨秀不同意，終至決裂。此事汪原放在其《回憶亞東圖書館》中曾說到，大體不差。他的叔叔汪孟鄒（亞東圖書館老板）當時試圖為兩邊說和，而陳獨秀大發脾氣，無論怎麽說都不能成功。平心而論，大量增加頁數而以原價出售，就要虧本，從商人立場確實很難接受。但陳獨秀的動怒，也有他的考慮。[72]
陳獨秀在1920年5月的三封信裏都說及此事，他在7日致胡適、李大釗的信中說，“因為《新青年》六號定價及登告白的事，一日之間我和群益兩次衝突。這種商人，既想發橫財，又怕風波，實在難與共事”。此後5月11日和19日，又兩次致函胡適，表示“我對於群益不滿意不是一天了，最近是因為六號報定價，他主張至少非六角不可。經我爭持，才定了五角。同時因為怕風潮，又要撤銷廣告。我自然大發窮氣。衝突後他便表示不能接辦的態度。我如何能去將就他，那是萬萬做不到。群益欺負我們的事，十張紙也寫不盡”。總之，“群益對於《新青年》的態度，我們自己不能辦，他便冷淡倨傲，令人難堪；我們認真自己要辦，他又不肯放手”。
從這幾封信可知，確如汪原放所說，衝突的起因是加價問題。價格最後雖以妥協了結，但顯然已傷了感情。群益書社恐怕還是想要繼續合作，不過總以商人的方式討價還價，難為心直口快的陳獨秀所接受。由於早有不滿，陳氏也先有考慮。他在4月26日就發出一封給12位《新青年》同人的“公信”，提出第7卷結束後“擬如何辦法”，要他們“公同討論賜複”。陳獨秀提出的問題有：一、是否接續出版？二、原定發行合同已滿期，“有無應與交涉的事”？可知那時他已啟不續約之心。而群益書社要求提價，更助長了陳的不合作情緒。