“五四”前北京的新舊之爭相當激烈，舊的一方曾以陳獨秀私德不檢為攻擊目標。北大校長蔡元培本在北京組織進德會，對此相當難堪，也甚感難以處理。結果，經與同為浙江籍的湯爾和、沈尹默、馬敘倫等在1919年3月26日晚合議，決定不讓陳獨秀繼續擔任北大文科學長。[13]而湯爾和、沈尹默等當年恰是促成蔡元培任用陳獨秀為北大文科學長之人，始倡終棄，同出斯人，當然不僅是偶然巧合。何以出現這樣的變化，牽涉甚寬，既與校外的新舊之爭相關聯，也涉及校內的大學體製構建，自然也免不了無處不在、永不歇息的人事之爭，但又不僅是一般人心目中的權勢競爭，而與辦學取向的異同相關。
有一點可以明確，廢除文理科學長的動議，早在1918年秋天已提出，並形成了大致的意見。但這似乎隻是一個意向性的決議，具體怎樣貫徹執行，尚未確定，也可以修改。後來校外的新舊之爭，對這一決議的實行與否，有直接的關聯。但在不諳內情的外人認知中，陳獨秀的去職，基本是為新舊之爭的大環境所決定。
北大原有文、理、法、工四科，皆既是學科也是機構（稍類今日的學院），加上非學科而為機構的預科，共有五科。蔡元培1917年接受北大校長職務後，就決定實行改革。他要讓師生了解，“大學乃研究學術之機關。進大學者，乃為終其身於講學事業”，以改變視“大學為科舉進階”的習慣認識。其方法即“竭力辦理文理兩科”，使之完善。因為這兩科“乃法、工、農、醫諸科原理原則所由出”，而入此兩科者，“又大抵為純粹講學而來，既不想做官，亦不想辦大實業”。[14]最後一點反映出蔡元培觀念的時代性，不可忽視——“讀書做官”或可說是長期的傳統，“讀書發財”則是近代興起的新傾向。