王先謙半屬自強或洋務運動時代之人，從光緒初年起，他長期主張加強海軍、對外通商而內興工藝；始終強調強國在富，富靠工商，特別要中國學習引進西方的器物工藝，以建立自身的工藝與外國競爭，從而抵抗西方的“經濟侵略”（他未用此詞）。蓋“中土工藝不興，終無自立之日”。但他與所謂洋務派觀念也有所區別，而認為發展工業是軍事的基礎，反對“言製造以火器為先，而工政與軍政不辨”的觀念。[12]
當時包括張之洞在內的維新派的基本思路是：甲午一戰表明僅僅學習西洋的工藝已不足以救國，亦即以注重“製造”為標誌的自強運動已被證明為“失敗”，則注重學習工藝的取向不是中國正確的選擇。所以張明確提出西學中“西藝非要，西政為要”。[13]但王先謙則認為不是學習工藝的取向有問題，而是根本沒有把西方的工藝學到手。換言之，注重“製造”的取向並不錯，錯在貫徹得不夠深入徹底。甲午戰敗也並不證明以前建設海軍的錯誤，隻表明海軍建設得不夠。特別是戰後幾年竟不再加強海防，正在於沒有弄清列強並非僅僅“誌在通商”，其實別有他圖這一要害。[14]
王先謙素主變法，他到民國時仍指出：晚清“外患紛乘，群思變法，可謂有大順之機矣”；可惜清廷“任非其人”，方法也不對，終致覆亡。蓋“政不一端，安民而已。未有民本安而行一政以使其不安者”。如果“必吐棄一切政令，事事效法西人，以為如是則自強；恐強之效不章，而安之象已失”。實際上，中國之所以“紛紜廿年，一無所得，即師法泰西成效章著之日本，懵不知亦趨亦步”；即在於自己號稱“事事考求西法，兼能自出新意”。隨意變革西法以見自出之“新意”，結果是連西法也學不到手，反生破壞的效果，這才是最可怕的。[15]