綜合高中麵臨招生、學製、學籍管理等一係列問題。首先，高中階段（包括普通高中和職業高中）招生形成了相對穩定的製度和規範，綜合高中如何招生，是按照普通高中還是職業高中招生，抑或作為獨立批次招生需要相應研究並製定具體招生政策。其次，綜合高中學生出口不同，人才培養方案也會不同，綜合高中按照3年學製，還是2～4年的彈性學製需要研究確定。最後，由於涉及高考資格、補助等一係列問題，因此綜合高中學籍管理是一個比較複雜的問題。
麵對上述問題，廣東省最好能夠研究出便捷、高效的學籍管理方式，一方麵避免學籍管理過於煩瑣，另一方麵能夠確保綜合高中學生可以根據個人發展需要在參加高考或領取補貼方麵不受影響。因此，學校要通過政策研究逐步建立綜合高中單列招生製度；建立彈性學籍製度，滿足學生個性化發展需要；在學籍管理問題上，最重要的是要建立與學生多樣化出口相適應的學籍管理製度，這既能滿足學生報名參加高考的需要，又能滿足學生習得技能就業的需要（補貼、職業資格證書等）。其他省（市）主要采取分年級分段注冊的方式，這樣做比較複雜，也會影響學生的利益（比如，打算讀完綜合高中就業的學生，如果高一注冊了普通學籍，有可能拿不到補貼等問題）。因此，廣東省最好能夠製訂一套簡潔有效的學籍管理製度。