對綜合高中辦學進行彈性化設計，能更好地兼顧學生的個性差異。具體而言，表現在以下三個方麵。
（一）允許多次分流
允許多次分流是綜合高中的靈魂所在。沒有多次分流，就不能稱其為綜合高中（機製上可以有多次選擇，課程上可以有多種選擇）。綜合高中的普職融通，可以為學生自由選擇發展路向提供更多的機會，因此綜合高中應該發揮這個優勢，通過彈性化的教學管理，為學生提供多次分流的機會，使學生能夠更好地適性發展。例如，可以將學生的分流分成兩個階段，第一年後進行文理分流，第二年後進行升學預備教育（含高職預備教育）和就業預備教育的分流，等等。
（二）學分製管理
綜合高中和學分製幾乎是相伴而生的，學分製是實施綜合教育的一大保障。隻有在實施學分製的情況下，才可能確保學生對廣泛的課程進行自由的、充分的選擇，才可能發展學生的個別差異，使課程顯現出較大的自由性和選擇度。
（三）彈性化學製
從發達國家綜合高中的情況來看，綜合高中的學製一般都比較靈活，具有很大的彈性。例如，瑞典的綜合中學就有兩年製、三年製、四年製等多種不同的學製，而且瑞典的綜合中學允許學生工學交替，真正貫徹了回歸教育的理念。我國浙江、廣西等地區，在綜合高中辦學實踐中也創生了很多靈活的學製類型，如“2+1”“2+2”“2+3”等。