課程的綜合性是綜合中學得以建立的關鍵，也是綜合中學最大的特色與亮點。美國《中等教育的基本原則》第16條指出：“作為標準中等學校的綜合中學”要特別強調建立“將所有課程包容在一個統一的組織之中的綜合中學”。綜合高中之所以難辦，其難點和焦點也在如何建設真正的綜合性課程體係。
從發達國家綜合高中的辦學經驗來看，它們著力解決的是綜合高中普通教育課程與職業教育課程的融通問題。在具體的操作過程中，其綜合高中的課程設置主要關注如下四個問題。
（一）課程軌道的多元化
設置多元的課程軌道是發達國家綜合高中課程設置的共同特點，以美國和歐洲發達國家為例。
美國的公立綜合高中規模一般都比較大，針對學生的不同情況和不同需求，學校一般會設置三種課程軌道。第一類是普通科，這類課程主要為學生未來的生活做準備，開設基礎課程及常識課程，兼顧一些職業課程，學生畢業後從事半熟練的體力勞動或充當初級職員，在其課程設置中，技術課程占4%，普通課程占71%，實踐課程占25%；第二類是學術科，即大學預科，開設學術性的文理課程，主要有文學、數學、自然科學、社會科學、外語，其課程體係中不學習技術課程，普通課程占92%，實踐課程占8%；第三類為職業科，根據社會的需求及學校的條件，開設工、農、商、家政等職業課程，學生畢業後，能夠從事某一行業的熟練勞動，或充當初級職員、店員等，學製為3～4年，招收初中畢業生，其課程中技術類課程占34%，普通課程占58%，實踐課程占8%。[9]
歐洲發達國家的綜合高中，也有多元的課程軌道供學生選擇。例如，早在20世紀80年代，瑞典的綜合高中的課程就設置了23個科，分別屬於3個學科領域，即人文和社會科學、經濟科學、技術和自然科學。[10]