薄弱高中轉型綜合高中的學校主要有兩大類，一類是城市薄弱高中，另一類是農村薄弱高中。這一時期，農村薄弱高中轉型綜合高中的發展進程相對滯後。1999年起，隨著高校擴招，高中教育的逐步普及，由職業高中招收普高班而形成的綜合高中占有絕對優勢。
城市薄弱高中轉型綜合高中的探索發展，得益於《麵向21世紀教育振興行動計劃》的推進。城市薄弱高中轉型綜合高中的試點工作得以全麵展開。比較有代表性的地區或學校有上海市、北京市、江蘇省等地區，杭州第九中學、南京行知實驗中學等學校。
城市薄弱高中大都經曆了兩次升級改造，第一次轉型為綜合高中，在多樣化和特色化的發展過程中形成自己的優勢。第二次轉型升級為有特色的優質高中資源，真正成為適合學生發展的“融合製”綜合高中。
例如，上海市教育委員會（以下簡稱“上海市教委”）“九五”規劃重點課題“上海高中階段教育規模結構布局調整及多樣化辦學模式研究”課題組就普通高中辦學模式展開研究。上海普通高中辦學模式改革的難點是一般中學。這類學校生源的文化知識基礎比較薄弱，高考升學率較低，按側重升學預備教育模式辦學相當困難。試點學校大都呈現出普通教育基礎上兼有職業教育的特征，即在普通高中教育中融入、滲透職業教育的成分，形成綜合型普通高中辦學模式的雛形。其主要具有以下四種特征。[13]
第一，開設多種課程。除了普通高中必修課程外，學校還開設屬於職業技術教育的課程，如“計算機應用與維修”“車工鉗工專業技術”“影視廣告”等。開設多種課程，適應就業預備教育需要，這是綜合型普通高中辦學模式形成和發展的開始。
第二，實行彈性學製。試點學校的學生，參加上海市普通高中九門學科會考，成績合格，即可參加高考；不參加高考或未能考入高校的，可以畢業，也可以繼續參加中專或職校學習，完成規定的學習任務，成績合格，可以取得第二學曆。實行彈性學製，學生可以自由選擇，這是綜合型普通高中的重要特征之一。