綜合高中長期麵臨著學籍管理界定的問題。不少學者認為，目前教育主管部門嚴格界定了普通高中和職業高中的學籍身份，影響了學生的學習積極性，妨礙了綜合高中普職融通的道路。李曉就指出，綜合高中從學製上來看，教育部最初要求是4年，前3年原則上執行普通高中課程計劃，取得高中畢業資格可參加高考，未報考和未考上者可以繼續參加1年的職業課程學習，合格者頒發相應的職業（成人）中專畢業證書，可報名參加高等職業學院對口升學考試，未升學者則落實就業單位，這個學籍設計成為普通高等教育的跳板，加上國家沒有在中等職業教育和高等職業教育之間建立銜接機製，又限製了對口升學的比例，必然限製了綜合高中的發展。[12]劉麗群則提出，由於我國現有的考試評價製度並沒有對綜合高中進行針對性的考慮和單獨的製度安排，加上社會普遍推崇升學備考教育，綜合高中容易最終走向升學預備教育，從而與普通高中無異，能否建立與綜合高中發展相配套的考試評價體係，直接決定了綜合高中是否有發展後勁。[13]