有學者認為，綜合高中的課程設置與國家對綜合高中的辦學目標定位不吻合，體現為二元結構突出，即普通高中課程與職業高中課程的簡單疊加：升學預備課程沿用普通高中課程模式，偏難、偏廣，而就業預備類課程則照搬職業高中的體係，專業過於狹窄，以考試科目為主，選修課、活動課很少。[7]常寶寧指出，世界發達國家都為綜合高中設置了獨特的課程結構，唯獨我國在試辦過程前後均沒有出台明確的規範政策，綜合高中在設置上沒有突破雙軌製的局限，尤其是職業教育課程缺乏，實踐教育往往成為其他學科的替代品。[8]劉麗群建議，除了在國家層麵解決綜合高中的課程設置實施綱要以外，更重要的是推進綜合高中的課程創新，在地區層麵以區域統籌、合並重組、校際合作等方式提升學校的專業培養麵和實習就業渠道，不斷開發新的課程，完善學分管理體係。[9]高利民則建議，綜合高中可以考慮打破傳統的分科課程體係，將原本幾門相關的課程合並，如實行理科綜合或文科綜合課程。這樣做一方麵避免了科目繁多、學業負擔重的問題，另一方麵為新型課程教學提供了充裕的時間，有利於培養學生不同知識融合的能力，凸顯出綜合高中相較於普通高中或職業高中的優勢。[10]