為滿足綜合高中多樣化的人才培養要求，綜合高中的課程體係圍繞著“普職融通”的核心要求來設置，文化知識素養學習與技能能力訓練並行，學生兼顧升學準備與就業準備，因此呈現出模塊化與訂單化的麵貌。
在管理學上，模塊化管理是一種處理複雜係統，並把其分解為更好的可管理模塊的方式。每個模塊都可以自成一個體係，獨立運作，但是又可以隨時嵌入一個更大的係統中，或者從大係統中拆卸下來。綜合高中的課程門類眾多，可以把其整體視為一個大體係。整體的課程體係可以分成三個模塊：基礎課程模塊、學術課程模塊、職業課程模塊。每一個課程模塊內部可以根據學科要求、年級要求或專業要求的不同，將內部模塊分成次一級的課程模塊，並依此方式進一步拆分。
基礎課程模塊的設置要求對應綜合高中對“全人”的追求，課程內容主要是關於人文、自然科學、社會科學等各領域的基本知識，以及價值觀、人生觀、待人接物能力等倫理道德知識。基礎課程麵向綜合高中的全體學生，要求每一位學生都必須修讀，並達到一定的學分，為其擁有一個相對寬闊的知識視野和文化素養打下基礎。基礎課程模塊基本放在綜合高中學生分流之前的學習階段，其中的個別課程可以貫通到分流後的學習中。
學術課程模塊、職業課程模塊放置在綜合高中學生分流後的學習階段，主要目的是通過相應的課程學習，實現學生升學或者就業的人生目標。學術課程模塊針對的是以升學為目標的學生群體。專業課程的設置應該參考普通高中的課程門類，並且參考高等教育階段普通高校和職業類院校的專業學科設置，結合自身學校學科優勢和所在地區的特點，實施國家課程和地方課程、學校課程相結合的課程設置。