馬克思在《手稿》中，對異化勞動的理論做了最完備的論述。《手稿》中不僅有一個由編者題為“異化勞動”的片段專門論述這個問題，實際上從第一手稿的工資、利潤和地租，到第三手稿對黑格爾的辯證法和整個哲學的批判，都直接或間接論述了異化勞動的問題。完全可以說，異化勞動理論是馬克思當時分析社會問題和經濟現象的一個基本理論和方法。
但和對穆勒《政治經濟學原理》的評注相比，《手稿》有一個重大特點，即在《手稿》裏分析的勞動已經不是一般商品生產勞動，而是資本主義製度下的雇傭勞動，無產階級和資產階級（資本和勞動）的對立，是《手稿》中分析異化勞動的核心。在《手稿》中，馬克思是在分析了工資、利潤和地租之後集中地探討了異化勞動的各種規定，初步地揭示了這種勞動的性質及其所包含的對抗關係。馬克思試圖從勞動本身探求資本主義製度下無產階級“非人化”的原因。