隋朝的統治已經搖搖欲墜，而這期間，玄奘一直在東都洛陽研究佛家經典。太原府留守李淵起兵攻入長安，這時候的洛陽也是兵荒馬亂，人心惶惶。李淵攻下長安的消息不久就傳到了洛陽，玄奘和哥哥商量，說：“這裏雖然是我們父母祖先居住的地方，但局勢演變至此，我們沒有理由留在這裏坐以待斃”。
長捷靜靜地聽著，他知道玄奘必定已經有了打算。果然，玄奘接著說：“聽說李淵為人正派，心存仁義，天下百姓都把他看成父母一般，為今之計，我們還是去長安吧。”長捷很讚成玄奘的話，就與他一起前往長安。
武德元年（公元618年），玄奘和哥哥來到了長安莊嚴寺。安定下來之後，玄奘發現了一個很嚴重的問題，當時的長安百廢待興，一切以軍事為要，根本就沒有人關注其他的事情，整個長安城連一個佛學講席都沒有，他們顯然來得不是時候。
一直到貞觀二年（公元628年），國家才完全統一，之前的幾年間，用李世民的話說，就是“貨賂公行、紀綱紊亂”，混亂的長安城根本就沒有人有心情來聽出家人的講經布道。玄奘兄弟在莊嚴寺住了一段時間，終於確定了一個適合的去處，這才收拾行囊，離開長安。
隋煬帝曾在洛陽設立了四個道場（道場就是供佛或修道之處），召集天下名僧住在裏麵研究佛法，其中為首的四人就是慧景、智脫、道基、寶暹四位法師，他們為人們講解經學，解答疑惑，在佛法上的造詣很高。這些得道高僧威望很高，值此天下大亂之時，很多僧侶都跟隨四位高僧前往當時較為安寧的四川地區宣揚佛法，一時間成都高僧會聚，成為了全國佛法的中心。
玄奘向哥哥建議說：“此地無法事，不可再虛度，我們就到四川去吧。”
兩人經過商議，最終決定經由長安西南的子午穀向四川進發。在漢中（今陝西南鄭）遇到赫赫有名的空、景兩位法師，玄奘對他們聞名已久，所以二人又在漢中停留，向二位高僧討教佛理，學習經義。十個月後，玄奘兄弟才一同出發，前往目的地成都。