戊戌變法失敗之後，不久又發生了義和團運動。義和團運動是太平天國革命失敗後規模最大的一次農民革命運動，它主要的鋒芒是反對帝國主義、特別是那些披著宗教外衣的侵略者。中國人民並不是一般地反對宗教，他們所反對的隻是那幫假借上帝的名義來為非作歹的人。十九世紀各資本一帝國主義侵略中國的時候，常常以傳教士作為它們的先鋒，以教堂作為它們的據點。隨著帝國主義在中國的得勢，許多不法的外國教士更是凶焰萬丈，許多中國教徒也都仗勢欺人，教堂的權勢儼然淩駕於中國官府之上。一般群眾與教徒發生爭執，打官司沒有不輸的。外國教士可以自由出入官府，無恥的清朝官吏一見他們就卑躬屈節，視同上司。教堂本身往往也就是大地主和大債主，它對農民進行的地租和高利貸剝削，其苛重程度更甚於中國的封建地主。由於這種種原因，中國人民（尤其是農民）對外國教會侵略勢力恨入骨髓。因此，中國人民的反帝鬥爭就常常以反教鬥爭的形式表現出來。從六十年代起，全國各地不斷發生的所謂“教案”，其實都是廣大人民反對外國教會侵略勢力的鬥爭。這種鬥爭自1870年在天津遭到殘酷鎮壓以後，曾一度稍為低落，但到九十年代，又複高漲起來。特別是甲午戰爭以後，日益加深的民族危機，更刺激了這種反帝鬥爭的發展。
四川人民反對帝國主義教會侵略勢力的鬥爭，是有著長期的曆史的。1863年，重慶人民首先掀起了反教鬥爭（即所謂第一次“重慶教案”）。1868年，酉陽人民在反對教會侵略勢力的鬥爭中，傷亡達千人以上，可見其規模之浩大（這就是轟動一時的所謂“酉陽教案”）。其後鬥爭仍時起時伏。至1890年以後，便爆發了著名的餘棟臣起義。餘棟臣是四川大足縣的一個貧苦農民，年青時氣力過人，好打不平，人稱“餘蠻子”。在1890年8月的一次靈官會上，因教堂無理捕人，引起了群眾的公憤，他便率眾起事。後來他雖曾被官兵捉住，但起義群眾卻把他從榮昌縣的監獄中救了出來，並趁勢抓了一個法國教士。從此起義更形擴大，不但屢次打敗了清朝軍隊的圍攻，而且一再擊破了敵人誘降的詭計。起義軍到處受到人民的歡迎，川東南數十縣乃至湖北邊境都曾受到它的影響。但是，由於沒有正確思想的指導，起義領袖——那些從前的哥老會頭目逐漸趨於腐化。不用說地主出身的人現出了原形，就是貧農出身的餘棟臣，後來也蛻化變質。這樣，他們就脫離了廣大的農民和手工業者，失去了依靠的力量。因此，至1899年初，起義終於被清朝的反動軍隊所擊敗，餘棟臣亦被生擒。